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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002796`

染色体: Chr04 坐标: 43820057-43821337 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002796`
名称	SmilChr04G002796
描述	geranylgeranyl pyrophosphate synthase, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	43820057 - 43821337 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021891`
GeneID	`131021891`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021891`
原始查询	`SmilChr04G002796`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	geranylgeranyl pyrophosphate synthase, chloroplastic-like
产物	geranylgeranyl pyrophosphate synthase%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT4G36810` (GGPS1) geranylgeranyl pyrophosphate synthase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829834] identity=66.6; qcov=0.864; evalue=7.14e-142; confidence=high
Rice	`Os01g0248701` (OSJNBa0049B20.22) - identity=61; qcov=0.905; evalue=2.48e-125; confidence=high
GO	GO:0004659 (prenyltransferase activity); GO:0008299 (isoprenoid biosynthetic process)
KEGG	smil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00348 (polyprenyl_synt)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021891

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057807202.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057807202.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807202.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807202.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807202.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:43820276`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B31
`Chr4:43820400`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,C73
`Chr4:43820458`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C35,C58
`Chr4:43820579`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:43820610`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B27,C11,C69
`Chr4:43820643`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15
`Chr4:43820676`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,B114,D11
`Chr4:43820852`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr4:43821006`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr4:43821146`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807202.1

346 aa

173

346

polyprenyl_synt

PF00348 polyprenyl_synt 83-310 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807202.1`	Pfam	`PF00348`	polyprenyl_synt	Domain	83	310	1e-57	195.9	Polyprenyl synthetase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951219.1
ACACACAAAAAATATACACATGGATTCACACACACACAATCAATGAATATATCAATTGAATCATTGATATATAAGTCACACACATTGCAGTGTGTCCACAACTCAAATTAACCATGGCATTTGTAGCAACCAGCCCTATCTCCCTAAAAACAAACTGCTTGAAGCTCAAACCCCTTGACACCCACCAACAGCCCCAAACCAGGATTTCCTGCAACAAAACCACTCCCACATCTTCAATCGAAATGCAACAAACCCTAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021891
ATGGCATTTGTAGCAACCAGCCCTATCTCCCTAAAAACAAACTGCTTGAAGCTCAAACCCCTTGACACCCACCAACAGCCCCAAACCAGGATTTCCTGCAACAAAACCACTCCCACATCTTCAATCGAAATGCAACAAACCCTAAAAATTTCCCCAAATTTCAAATTTGAAGAATACATGGCAAGCAAGGCAAAGAAGGTGAACACAGCCCTGGACGACGCCGTGCCTCTCCAAAACCCCTTGAAGATCCACCAGGCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807202.1
MAFVATSPISLKTNCLKLKPLDTHQQPQTRISCNKTTPTSSIEMQQTLKISPNFKFEEYMASKAKKVNTALDDAVPLQNPLKIHQAMRYSLLAGGKRVRPVLCLASCELVGGEEAAAVPMACALEMIHTMSLIHDDLPCMDNDDLRRGRPTCHKEFGEETAVLAGDALLALAFEHVAAKTRNVDERRVVQAIVELGSAVGSEGLVAGQIVDLSSEGKLLSLGELEYIHVHKTSKLLEAAVVCGAIMGGGGGAQVEALRKY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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