Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002802`

染色体: Chr04 坐标: 43925265-43932410 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002802`
名称	SmilChr04G002802
描述	pre-mRNA splicing factor SR-like 1
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	43925265 - 43932410 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021899`
GeneID	`131021899`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021899`
原始查询	`SmilChr04G002802`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pre-mRNA splicing factor SR-like 1
产物	pre-mRNA splicing factor SR-like 1
Arabidopsis	`AT5G37370` (ATSRL1) PRP38 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833711] identity=82.4; qcov=0.912; evalue=1.14e-74; confidence=high
Rice	`Os05g0178900` - identity=85.4; qcov=0.898; evalue=4.76e-77; confidence=high
GO	GO:0071011 (precatalytic spliceosome)
KEGG	smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03371 (PRP38)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021899

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807204.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057807209.1`
3	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057807206.1`
4	Nuclear speckle	核斑点	0.80000	`XP_057807204.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057807209.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:43925647`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr4:43925923`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,B75
`Chr4:43926135`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C86
`Chr4:43926135`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C86
`Chr4:43926147`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,A8,B91,C71
`Chr4:43926865`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	A19,B109,B112,B131,C15,C34,C43,C79
`Chr4:43931277`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B125
`Chr4:43931277`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B125

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807204.1

414 aa

207

414

PRP38

PF03371 PRP38 13-163 aa

XP_057807205.1

414 aa

207

414

PRP38

PF03371 PRP38 13-163 aa

XP_057807206.1

295 aa

148

295

PRP38

PF03371 PRP38 7-44 aa

XP_057807209.1

137 aa

137

PRP38

PF03371 PRP38 13-127 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807204.1`	Pfam	`PF03371`	PRP38	Family	13	163	7.2e-49	166.7	PRP38 family
`XP_057807205.1`	Pfam	`PF03371`	PRP38	Family	13	163	7.2e-49	166.7	PRP38 family
`XP_057807206.1`	Pfam	`PF03371`	PRP38	Family	7	44	9.8e-05	23.0	PRP38 family
`XP_057807209.1`	Pfam	`PF03371`	PRP38	Family	13	127	3.6e-40	138.3	PRP38 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA

XR_009101088.1
CTAAAATACTCTATAATTTGCAGAAGAAATAGATAAGTAGTTTTACTTCTATACCCCCATCGTTCAAGCGCCAGAGTTCTAACATCCTAGCTAGGGTTCATCACGACTCCGCGATTTTTCTCTCCACCTCTTTAATCCTCCGATTCCAGGCAGTGGATGATTCATAATGGCGGAAATTAAGTCATCTGGGAGGCCAATTGATCAATTGTTGGAGAAGGTCTTGTGCATGAATATACTTTCTTCTGATTACTTTCGTGACC...

XR_009101089.1
GTTTTACTTCTATACCCCCATCGTTCAAGCGCCAGAGTTCTAACATCCTAGCTAGGGTTCATCACGACTCCGCGATTTTTCTCTCCACCTCTTTAATCCTCCGATTCCAGGTACGATAAATGTTCGAAGTAATCCGTTTTTCCTCGAGTTATGCCTTGCGAATTTAAGGCTAGTTGCTTGGGATAGTCTTTGTGCGTCTTTGCCTGGCGATTTCATTTGCTATAGTTATCAAAACAATAAATTTGCTTAATTTCTAATCT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA

LOC131021899
ATGGCGGAAATTAAGTCATCTGGGAGGCCAATTGATCAATTGTTGGAGAAGGTCTTGTGCATGAATATACTTTCTTCTGATTACTTTCGTGACCTATTGAGATTGAAGACATACCATGAAGTCATTGATGAGATATATGTTACTGTGACCCATGTGGAGCCATGGATGACTGGTAATTGCCGTGGTCCGTCAACTGCTTTCTGTCTTCTTTACAAGTTCTTCACCATGAAACTTACAGTCAAGCAGATGCATGGCCTGTT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA

XP_057807204.1
MAEIKSSGRPIDQLLEKVLCMNILSSDYFRDLLRLKTYHEVIDEIYVTVTHVEPWMTGNCRGPSTAFCLLYKFFTMKLTVKQMHGLLKHSDSPYIRAVGFLYLRYVADPKTLWSWYEPYLRDDEEFSPGSNGKMTTMGVYVRDLLLGQYYFDTLFPRIPVPVMRTIIANLENMKLPTKHCGVTGETTRGSEETARRPPSVKAALSVSFGQRAPHRASTRDSSPVRRTVNPSYDRADDSRRSPSRHRSQSRDLSDREYSDR...

XP_057807205.1
MAEIKSSGRPIDQLLEKVLCMNILSSDYFRDLLRLKTYHEVIDEIYVTVTHVEPWMTGNCRGPSTAFCLLYKFFTMKLTVKQMHGLLKHSDSPYIRAVGFLYLRYVADPKTLWSWYEPYLRDDEEFSPGSNGKMTTMGVYVRDLLLGQYYFDTLFPRIPVPVMRTIIANLENMKLPTKHCGVTGETTRGSEETARRPPSVKAALSVSFGQRAPHRASTRDSSPVRRTVNPSYDRADDSRRSPSRHRSQSRDLSDREYSDR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器