当前解析结果
SmilChr04G002804| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002804 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002804 |
| 描述 | microtubule-destabilizing protein 60-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 43945681 - 43947066 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131021901 |
|---|---|
| GeneID | 131021901 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021901 |
| 原始查询 | SmilChr04G002804 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | microtubule-destabilizing protein 60-like |
| 产物 | microtubule-destabilizing protein 60-like |
| Arabidopsis | AT5G37478 (AT5G37478)TPX2 (targeting protein for Xklp2) protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2746163] identity=56.5; qcov=0.692; evalue=1.68e-38; confidence=medium |
| Rice | Os03g0212600- identity=44.2; qcov=0.667; evalue=2.01e-23; confidence=medium |
| GO | GO:0005880 (nuclear microtubule); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0030295 (protein kinase activator activity); GO:0032147 (activation of protein kinase activity); GO:0060236 (regulation of mitotic spindle organization); GO:0072686 (mitotic spindle); GO:0090307 (mitotic spindle assembly) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06886 (TPX2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021901 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 1.00000 | XP_057807213.1 |
| 2 | Spindle | Spindle | 0.60000 | XP_057807214.1 |
| 3 | Spindle pole | Spindle pole | 0.20000 | XP_057807214.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807213.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807213.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:43946602 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B42,B43,C64,C66 |
Chr4:43946602 |
G |
GA |
1bp_insertion | CDS_variant | 4 | B42,B43,C64,C66 |
Chr4:43946738 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807213.1PF06886
TPX2 72-146 aa
XP_057807214.1PF06886
TPX2 63-137 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807213.1 |
Pfam | PF06886 |
TPX2 | Domain | 72 | 146 | 8.4e-21 | 74.4 | Targeting protein for Xklp2 (TPX2) domain |
XP_057807214.1 |
Pfam | PF06886 |
TPX2 | Domain | 63 | 137 | 6.9e-21 | 74.7 | Targeting protein for Xklp2 (TPX2) domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。