当前解析结果
SmilChr04G002813| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002813 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002813 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G002813 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 44144692 - 44146236 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023483 |
|---|---|
| GeneID | 131023483 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023483 |
| 原始查询 | SmilChr04G002813 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=32.9; qcov=0.512; evalue=2.63e-32; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF24964 (DUF7769) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023483 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057809009.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057809009.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057809009.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057809009.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057809009.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:44144703 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr4:44144724 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 5 | A20,C10,C44,C55,D8 |
Chr4:44144724 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,C10,C44,C55,D8 |
Chr4:44144830 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C78 |
Chr4:44144944 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B118,B99,C56 |
Chr4:44144952 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C75 |
Chr4:44144963 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B123 |
Chr4:44144974 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,B99,C44 |
Chr4:44144999 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B106,B69,B91,C38,C71 |
Chr4:44145000 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B88 |
Chr4:44145006 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B69,B91,C38,C71 |
Chr4:44145064 |
TTG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 10 | B1,B115,B117,B24,B9,C21,C23,C3,C64,C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809009.1PF24964
DUF7769 7-60 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809009.1 |
Pfam | PF24964 |
DUF7769 | Domain | 7 | 60 | 5.8e-07 | 29.8 | Domain of unknown function (DUF7769) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。