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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002813

染色体: Chr04 坐标: 44144692-44146236 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002813
名称SmilChr04G002813
描述uncharacterized SmilChr04G002813
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向44144692 - 44146236 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023483
GeneID131023483
locus_tag-
NCBI NameLOC131023483
原始查询SmilChr04G002813

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=32.9; qcov=0.512; evalue=2.63e-32; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
PfamPF24964 (DUF7769)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023483

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809009.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057809009.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057809009.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809009.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809009.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:44144703 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr4:44144724 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A20,C10,C44,C55,D8
Chr4:44144724 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,C10,C44,C55,D8
Chr4:44144830 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78
Chr4:44144944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B99,C56
Chr4:44144952 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr4:44144963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr4:44144974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B99,C44
Chr4:44144999 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B69,B91,C38,C71
Chr4:44145000 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr4:44145006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B69,B91,C38,C71
Chr4:44145064 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 10 B1,B115,B117,B24,B9,C21,C23,C3,C64,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809009.1
422 aa
N
1
211
422
DUF7769
C
PF24964 DUF7769 7-60 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809009.1 Pfam PF24964 DUF7769 Domain 7 60 5.8e-07 29.8 Domain of unknown function (DUF7769)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953026.1
ATGGGTAGAAGGAAGGATTTAACAAGTGAGGAAAGGCAAGCCATGGCCTTCTTTCTTCTTCAAAATTCAACAGATGGGAAGCTCCACCATGGGACTATCACTGCTGCCATGGCGAAATGGGGGTGTTGTCGGAGCTCCGTCTCGCGTTTATGGCAGGCTGCAAAAAAGGAGCAAGCACAAGAGTTGCATAAAAGGGGAACCATTCGAAGACTAGCAACAGGTATTAATTGCTCGAAGAGTACAGTGGGCAGATGGATCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023483
ATGGGTAGAAGGAAGGATTTAACAAGTGAGGAAAGGCAAGCCATGGCCTTCTTTCTTCTTCAAAATTCAACAGATGGGAAGCTCCACCATGGGACTATCACTGCTGCCATGGCGAAATGGGGGTGTTGTCGGAGCTCCGTCTCGCGTTTATGGCAGGCTGCAAAAAAGGAGCAAGCACAAGAGTTGCATAAAAGGGGAACCATTCGAAGACTAGCAACAGGTATTAATTGCTCGAAGAGTACAGTGGGCAGATGGATCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809009.1
MGRRKDLTSEERQAMAFFLLQNSTDGKLHHGTITAAMAKWGCCRSSVSRLWQAAKKEQAQELHKRGTIRRLATGINCSKSTVGRWISKGLIRAHSSAIRPDLTAPNKLLRLRFSLEQIEYDRICNVLKFKNMHNVVHIDEKLFYITKANHKFYLTPEETDPHRTCKSKKFIKKVMFSCAVGRPLFNEDGSVLFDGKIGIFPFTEMVPAKRTSKNRLAGTMEEKQIQSITKEVMKACYISKLIPAIWDKWPQFASKTIYIQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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