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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002821

染色体: Chr04 坐标: 44266637-44267112 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002821
名称SmilChr04G002821
描述uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向44266637 - 44267112 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023487
GeneID131023487
locus_tag-
NCBI NameLOC131023487
原始查询SmilChr04G002821

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述orf490; symbol=orf490; hit=gene-orf490; species=rice; confidence=low
产物orf490; symbol=orf490; hit=gene-orf490; species=rice; confidence=low
ArabidopsisATMG00810
-
identity=30.9; qcov=1.34; evalue=9.17e-16; confidence=low
Ricegene-orf490 (orf490)
-
identity=34.2; qcov=1.37; evalue=4.49e-21; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023487

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057809012.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809012.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809012.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809012.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809012.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:44266648 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr4:44266673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,D11
Chr4:44266689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B130,B63,C53
Chr4:44266691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr4:44266708 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B35,B55,C23
Chr4:44266710 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 21 A1,A22,A6,A8,B113,B139,B22,B45,B6,B66,B91,B97,C10,C17,C18,C27,C28,C32,C63,C68,C71
Chr4:44266902 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C17
Chr4:44266902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr4:44266930 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr4:44266933 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B130,B63,C53
Chr4:44266976 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B118,B33,B34,B44
Chr4:44266993 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953029.1
ATGGCGTACTACCTCGGTGTAGAAGTCAAGCAACTCAAAGATGGGATCTTCATCACACAAGAAGGATATGCCAAGGAGATCCTGAAGAAGTTCAAGATAGAGGACTGCAAAGCAATCAATACACCGGTGGAGTGCGGCATCAAATTATCCAAGAATGATGGAGGAGAAAAAGTGGACCCGACGTTATTTAAGAGCTTGGTTGAAAGTTTACGATACTTAACTTGCACAAGGCCGGACATTCTTATGCGACAGGGCTCTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023487
ATGGCGTACTACCTCGGTGTAGAAGTCAAGCAACTCAAAGATGGGATCTTCATCACACAAGAAGGATATGCCAAGGAGATCCTGAAGAAGTTCAAGATAGAGGACTGCAAAGCAATCAATACACCGGTGGAGTGCGGCATCAAATTATCCAAGAATGATGGAGGAGAAAAAGTGGACCCGACGTTATTTAAGAGCTTGGTTGAAAGTTTACGATACTTAACTTGCACAAGGCCGGACATTCTTATGCGACAGGGCTCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809012.1
MAYYLGVEVKQLKDGIFITQEGYAKEILKKFKIEDCKAINTPVECGIKLSKNDGGEKVDPTLFKSLVESLRYLTCTRPDILMRQGSDSDWAGDNDDCKSTSGFVFFMGDIAFI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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