Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002825`

染色体: Chr04 坐标: 44327988-44329322 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002825`
名称	SmilChr04G002825
描述	uncharacterized SmilChr04G002825
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	44327988 - 44329322 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023489`
GeneID	`131023489`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023489`
原始查询	`SmilChr04G002825`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820108]; symbol=AT3G09510; hit=AT3G09510; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820108]; symbol=AT3G09510; hit=AT3G09510; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT3G09510` (AT3G09510) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820108] identity=23.9; qcov=0.568; evalue=4.48e-08; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023489

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057809015.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057809015.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057809015.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809015.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809015.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:44327993`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C61,C78
`Chr4:44327994`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:44328007`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:44328025`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	A6,B101,B126,B54,B7,C58
`Chr4:44328038`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:44328058`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr4:44328060`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B66,C79
`Chr4:44328060`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B66,C79
`Chr4:44328068`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B25,B30,B33,B51,B98
`Chr4:44328073`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	81	A1,A15,A16,A2,A24,A5,A6,A8,B101,B102,B103,B108,B115,B122,B126,B129,B13,B131,B133,B18,B19,B21,B25,B26,B30,B31,B33,B35,B40,B44,B46,B48,B49,B50,B51,B58,B61,B64,B7,B71,B73,B78,B8,B80,B81,B88,B89,B95,B98,C11,C2,C23,C31,C33,C38,C39,C43,C47,C51,C52,C54,C58,C61,C62,C64,C69,C71,C75,C76,C78,C79,C81,C82,C83,C86,C9,D1,D10,D11,D4,D5
`Chr4:44328074`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	37	A16,A2,A24,A5,B102,B103,B108,B126,B129,B13,B131,B18,B21,B31,B35,B40,B44,B48,B78,B8,B81,B89,B95,B98,C11,C23,C33,C38,C47,C51,C61,C69,C71,C78,D1,D11,D5
`Chr4:44328081`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,B66,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809015.1

361 aa

180

361

RVT_3

PF13456 RVT_3 233-352 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809015.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	233	352	3.1e-14	53.7	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953032.1
ATGGAGGTGAAGGTCTCCCCGAATTGCTCTTTTACATGGCGTTCCTTATGCTGGGGCAGAGAGCTCATTGCTCGAGGGACGAGATGGAAAGTCGGGGACGGAAGAAGTATCAGAGTCACTAAAGACCGCTGGATCCCGGGAAGAGACATTTGGCAGGAGCAGCGTGCACAAACTGAGGATAACAACAGGAAAGTTGCTGATTTTATCACAGCTGAACGGCAATGGCATGTGGGCAAACTAAAGGAGGTTTTTCCAGATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023489
ATGGAGGTGAAGGTCTCCCCGAATTGCTCTTTTACATGGCGTTCCTTATGCTGGGGCAGAGAGCTCATTGCTCGAGGGACGAGATGGAAAGTCGGGGACGGAAGAAGTATCAGAGTCACTAAAGACCGCTGGATCCCGGGAAGAGACATTTGGCAGGAGCAGCGTGCACAAACTGAGGATAACAACAGGAAAGTTGCTGATTTTATCACAGCTGAACGGCAATGGCATGTGGGCAAACTAAAGGAGGTTTTTCCAGATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809015.1
MEVKVSPNCSFTWRSLCWGRELIARGTRWKVGDGRSIRVTKDRWIPGRDIWQEQRAQTEDNNRKVADFITAERQWHVGKLKEVFPDFLVPAICSIDLPVETKSDTFFWGFDEKGRYSVKSGVKGAWKSSIFWDDISPFIHLSLRDLSSVVADRKGDEGLELWFFQLWFVWKSFCDFKHNPSNEKTTVELQDCRLWLDEYKKVRLHTSIPERVLPLEGERRWYPPPPDILRLDVDVAFDNGGQRLGAGFLLRDSRGKIVAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器