Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002826`

染色体: Chr04 坐标: 44350134-44357883 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002826`
名称	SmilChr04G002826
描述	uncharacterized SmilChr04G002826
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	44350134 - 44357883 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023490`
GeneID	`131023490`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023490`
原始查询	`SmilChr04G002826`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glucan synthase-like 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831140]; symbol=GSL12; hit=AT5G13000; species=arabidopsis; confidence=low
产物	glucan synthase-like 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831140]; symbol=GSL12; hit=AT5G13000; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G13000` (GSL12) glucan synthase-like 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831140] identity=73.8; qcov=0.37; evalue=1.86e-73; confidence=low
Rice	`Os02g0832400` (OsGSL7) - identity=73.1; qcov=0.37; evalue=6.93e-73; confidence=low
GO	GO:0006893 (Golgi to plasma membrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF09762 (CCDC93_CC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023490

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057809016.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057809016.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.60000	`XP_057809016.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809016.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809016.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:44350211`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr4:44350214`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,A8,B91,C71
`Chr4:44350225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B130,B63,C53
`Chr4:44350247`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr4:44350280`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	36	A13,A5,B101,B102,B11,B113,B118,B135,B138,B28,B29,B30,B31,B33,B34,B37,B44,B47,B56,B68,B71,B8,B84,B86,B93,B96,C17,C26,C33,C38,C47,C57,C6,C75,C85,C9
`Chr4:44350292`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B63,C53
`Chr4:44350297`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr4:44350336`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,B122,B20
`Chr4:44350390`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B130,B63,C53
`Chr4:44350410`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr4:44354725`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C16,D3,D7
`Chr4:44357189`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	22	A2,A24,B110,B137,B21,B61,B65,B68,B71,B96,C11,C22,C24,C3,C35,C37,C45,C48,C49,C62,C69,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809016.1

433 aa

216

433

CCDC93_CC

PF09762 CCDC93_CC 148-254 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809016.1`	Pfam	`PF09762`	CCDC93_CC	Coiled-coil	148	254	5.3e-28	98.9	CCDC93 coiled-coil domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953033.1
ATGGGACTGAGCTATTGGCATTGCTGTCAAACTATCAGGAAGCTTGACAGAAACTCACCATTGTGCAACGCATTCCTCCCGAGGGAGACAGGTTTTGGACGGCGCCACGAAAGGAGGTTTTTCAGCCTGGATGTTGACGTTGCATGGCGTGACAAAGGGAATCGTGTGGGAATTGATTTTATGGTGCGTAATTGGTTGGGGTCGATTGTGGCAGTCGTGAGTCGTCTGGTGGGATATACACTTCTATTCTTATGGGCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023490
ATGGGACTGAGCTATTGGCATTGCTGTCAAACTATCAGGAAGCTTGACAGAAACTCACCATTGTGCAACGCATTCCTCCCGAGGGAGACAGGTTTTGGACGGCGCCACGAAAGGAGGTTTTTCAGCCTGGATGTTGACGTTGCATGGCGTGACAAAGGGAATCGTGTGGGAATTGATTTTATGGTGCGTAATTGGTTGGGGTCGATTGTGGCAGTCGTGAGTCGTCTGGTGGGATATACACTTCTATTCTTATGGGCAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809016.1
MGLSYWHCCQTIRKLDRNSPLCNAFLPRETGFGRRHERRFFSLDVDVAWRDKGNRVGIDFMVRNWLGSIVAVVSRLVGYTLLFLWATYVMMFGICFCLESDLEPIVVFSDSILVAHVLHDTYNGYESLSDKLWEEPPLSPPPSTIATTKELATKLRSIVLLKRQLDEVPAQAELIQYELRLSELNTQIQKKLRQTRKHYDTYNALLEIKDLMLKETSLLNSINVQFQNAITSVDGRVKLTNSLEGISNGTQQLLKMRCNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器