Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002850`

染色体: Chr04 坐标: 44596281-44597096 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002850`
名称	SmilChr04G002850
描述	uncharacterized SmilChr04G002850
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	44596281 - 44597096 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023494`
GeneID	`131023494`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023494`
原始查询	`SmilChr04G002850`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0683500; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0683500; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G25270` (AT3G25270) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822121] identity=25.7; qcov=0.775; evalue=8.15e-09; confidence=low
Rice	`Os06g0683500` - identity=33.1; qcov=0.469; evalue=2.94e-13; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023494

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057809019.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057809019.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057809019.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809019.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809019.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:44596467`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B102,B46
`Chr4:44596573`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr4:44596581`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:44596593`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C24
`Chr4:44596629`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C40
`Chr4:44596629`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C40
`Chr4:44596662`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr4:44596699`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B20,B46,B94,C58
`Chr4:44596801`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr4:44596808`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C1,D7
`Chr4:44596879`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B132,C1,D7
`Chr4:44597040`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809019.1

271 aa

136

271

RVT_3

PF13456 RVT_3 119-240 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809019.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	119	240	4.6e-19	69.3	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953036.1
ATGCTGGACTGCTTGGATATTCATACCATGTTGGCTGCTGCATGGAACACGGATTTCAGTCCGTTGGTTCGGTCCTACTGGAAAGCTGGAGTGATTAATTTTATTTGGAAAATTTGGGACTGCCGCAATCAAGTGACTTTTAATGAGGCCAGTTTCCATCCAAAATTGATTCTTGGTTTCCTGAAAGTTGTGTTTAAGGAGATGGATTCCAATTTCCCTAAGCTTGGGCGTTCTCATAACTCTTGGCAGGATTATTTGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023494
ATGCTGGACTGCTTGGATATTCATACCATGTTGGCTGCTGCATGGAACACGGATTTCAGTCCGTTGGTTCGGTCCTACTGGAAAGCTGGAGTGATTAATTTTATTTGGAAAATTTGGGACTGCCGCAATCAAGTGACTTTTAATGAGGCCAGTTTCCATCCAAAATTGATTCTTGGTTTCCTGAAAGTTGTGTTTAAGGAGATGGATTCCAATTTCCCTAAGCTTGGGCGTTCTCATAACTCTTGGCAGGATTATTTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809019.1
MLDCLDIHTMLAAAWNTDFSPLVRSYWKAGVINFIWKIWDCRNQVTFNEASFHPKLILGFLKVVFKEMDSNFPKLGRSHNSWQDYLVLRRIGVAMRAFAPPLMIEVHWWPPAGQWIKVNTDGSALGKPGSIAAGGVFRDNWGAVRGCYHYKGGSGFTFEAELFAIMHAVRIANFRGWHWLWIEADSSYVVQLLHSRSLNVPWRFLPLWKQTLNWLSNFRLQISHIFREGNSVADIMANHARIEGWWPFAIEDIKIAVSLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器