当前解析结果
SmilChr04G002854| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002854 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002854 |
| 描述 | protein LURP-one-related 15-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 44665052 - 44666066 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131021930 |
|---|---|
| GeneID | 131021930 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021930 |
| 原始查询 | SmilChr04G002854 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein LURP-one-related 15-like |
| 产物 | protein LURP-one-related 15-like |
| Arabidopsis | AT5G01750 (AT5G01750)LURP-one-like protein (DUF567) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831684] identity=52.4; qcov=0.935; evalue=7.97e-74; confidence=high |
| Rice | Os07g0230700- identity=46.6; qcov=0.945; evalue=4.57e-56; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04525 (LOR) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021930 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057807255.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057807255.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057807256.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807255.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807255.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:44665206 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B130,B63,C53 |
Chr4:44665239 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B90,B92,C31 |
Chr4:44665239 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B90,B92,C31 |
Chr4:44665312 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B130,B63,C53 |
Chr4:44665540 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807255.1PF04525
LOR 23-159 aa
XP_057807256.1PF04525
LOR 23-191 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807255.1 |
Pfam | PF04525 |
LOR | Domain | 23 | 159 | 1.1e-32 | 114.6 | LURP-one-related |
XP_057807256.1 |
Pfam | PF04525 |
LOR | Domain | 23 | 191 | 3.1e-45 | 155.4 | LURP-one-related |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。