Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002856

染色体: Chr04 坐标: 44671026-44672169 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002856
名称SmilChr04G002856
描述uncharacterized SmilChr04G002856
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向44671026 - 44672169 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021941
GeneID131021941
locus_tag-
NCBI NameLOC131021941
原始查询SmilChr04G002856

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021941

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807268.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057807268.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807268.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807268.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057807268.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:44671651 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A18,B9,C54
Chr4:44671651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B9,C54
Chr4:44671705 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B95,B98,C36
Chr4:44671719 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 28 A15,A25,B100,B114,B118,B130,B131,B134,B14,B38,B39,B4,B43,B55,B57,B60,B63,B91,B95,C13,C2,C22,C25,C4,C41,C48,C63,C74
Chr4:44671724 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 4 B133,B134,B47,B84
Chr4:44671724 A AG 1bp_insertion CDS_variant 4 B133,B134,B47,B84
Chr4:44671726 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B23,B39,B47,B57,B90,C41,C85
Chr4:44671748 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B75,B94,C1,C25
Chr4:44671761 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B96
Chr4:44671769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B18,C24
Chr4:44671771 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 9 A10,B111,B137,B37,B8,C15,C3,C33,C5
Chr4:44671778 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951285.1
TATTATTATTATTATTATACTTATTTATCATATATAAATGTTTATTTATATCTTCATAAACAGGCTGCAGCGAGGGGAGTCCCCGTGTCGAGTGTGATATATGACTCTTTTCGAGCTTTACACGTGAAGAAGGATGGAACTTACACCGATAAGAAGTCTGAAAGAATCGATGTGGAGGTACAAGAAATTGCTGCAGAGATGGGCCAATCTAATCCTGATACGCCCGTGGATATGAACAAGATTTATCTAGATGTCTTGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021941
ATGGGCCAATCTAATCCTGATACGCCCGTGGATATGAACAAGATTTATCTAGATGTCTTGGGAGGCGGTTTAGATAAAAAGCAAAGATTGTTCGGCACAGGTAGTCTCGCATCGACCTTGAAGACCAATATATCGGGAGAGAGTAGTACTTCAGCTATGTCCGACATTGACAAAGAGCAGTATGCCACTCGCTTAGGAGATGTAGAGGAGCAGCTTCAAGCGGAGCGAGAAAGGACATCCCGATTAGAAGAACATGTTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807268.1
MGQSNPDTPVDMNKIYLDVLGGGLDKKQRLFGTGSLASTLKTNISGESSTSAMSDIDKEQYATRLGDVEEQLQAERERTSRLEEHVKVAMEIIKQLQGQSSSATSHPNPPSHVP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器