Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002857`

染色体: Chr04 坐标: 44681093-44683097 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002857`
名称	SmilChr04G002857
描述	plasmodesmata-located protein 7-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	44681093 - 44683097 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021927`
GeneID	`131021927`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021927`
原始查询	`SmilChr04G002857`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	plasmodesmata-located protein 7-like
产物	plasmodesmata-located protein 7-like
Arabidopsis	`AT5G37660` (PDLP7) plasmodesmata-located protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833744] identity=58.9; qcov=0.915; evalue=1.96e-109; confidence=high
Rice	`Os04g0537800` - identity=39.8; qcov=0.936; evalue=3.17e-67; confidence=medium
GO	GO:0009506 (plasmodesma)
KEGG	-
Pfam	PF01657 (Stress-antifung)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021927

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057807251.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807251.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807251.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807251.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807251.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:44681603`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,B118,B33,B34,B44
`Chr4:44681670`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr4:44681814`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B100
`Chr4:44681814`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B100
`Chr4:44681824`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr4:44681886`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,B13,B67
`Chr4:44681920`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807251.1

287 aa

144

287

Stress-antifung

PF01657 Stress-antifung 36-130 aa PF01657 Stress-antifung 178-231 aa

XP_057807252.1

282 aa

141

282

Stress-antifung

PF01657 Stress-antifung 36-130 aa PF01657 Stress-antifung 178-231 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807251.1`	Pfam	`PF01657`	Stress-antifung	Family	36	130	2.4e-30	105.8	Salt stress response/antifungal
`XP_057807251.1`	Pfam	`PF01657`	Stress-antifung	Family	178	231	2.4e-30	105.8	Salt stress response/antifungal
`XP_057807252.1`	Pfam	`PF01657`	Stress-antifung	Family	36	130	2.3e-30	105.9	Salt stress response/antifungal
`XP_057807252.1`	Pfam	`PF01657`	Stress-antifung	Family	178	231	2.3e-30	105.9	Salt stress response/antifungal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951268.1
ATTTAGAAATGATCCCACAAACTTTCACTTCACTATTTACAAAAATATGTGAGACTCAATTTTCACTCATAAAAAAAATCATAGTATTTTTTTAAACACTCGTGTCATCTCTATTGGACTAAAGTTTTGAAGGACTAGAGGGAGTATGTGACATATTCAAACTTATAGAAAATCTATGAGATTTAAATTTGAGACATTTCTAAAATTTGAATAGGTGAATATCTTCAAGGTAGTGATTAGTATTTTGTATTTGAGTGATT...

XM_057951269.1
GCTAAATAGGTGTGGCGCACTGAGGCATATACTAAGCTTAGAATAAGATAAAAAGAAACTTCAAGTCTTAAGGAAGAGGATGTGTTGTGAATTGCAGTGGCATTAGAAAAGGTGGTTGTTTCACATCTAGTCTGAGTGTGTACACACAAGATGGGCAAGTATGCATGTAAAGTAGTGGTTGAGTTTGTGTTGTTGGTGGTTGCAGTTGCAGTTGCAGTTGCAGATTCAGGCGCCGACTCGTTCCTCTACGGCGGGTGCTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131021927
ATGGGCAAGTATGCATGTAAAGTAGTGGTTGAGTTTGTGTTGTTGGTGGTTGCAGTTGCAGTTGCAGTTGCAGATTCAGGCGCCGACTCGTTCCTCTACGGCGGGTGCTCGCAGATAAATTACACCCCAAACTCGCCCTACGAATCCAACATAAACTCCCTCTTCACATCTCTGCTCAACTCAGCCACATACTCTTCCTACAACAAGTTCACCATCATGGCCTCAACTCCGCAAGACGTCCTCTACGGCCTCTACCAGTG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057807251.1
MGKYACKVVVEFVLLVVAVAVAVADSGADSFLYGGCSQINYTPNSPYESNINSLFTSLLNSATYSSYNKFTIMASTPQDVLYGLYQCRADLAMPDCATCVARALSRLRPLCPQACGASVQLDGCFVKYDNTSFIGLQDKTPAMNKCGPSDGDNQEEMGRRDAMLAAMAGSGGPYRVGGSQGVHGVAQCVGDLTVAQCQDCVAEAIRRLKAECGGAVFGDMFLAKCYARYTTSGAQNYATSNHESSHSESEKTFALIIGLL...

XP_057807252.1
MGKYACKVVVEFVLLVVAVAVAVADSGADSFLYGGCSQINYTPNSPYESNINSLFTSLLNSATYSSYNKFTIMASTPQDVLYGLYQCRADLAMPDCATCVARALSRLRPLCPQACGASVQLDGCFVKYDNTSFIGLQDKTPAMNKCGPSDGDNQEEMGRRDAMLAAMAGSGGPYRVGGSQGVHGVAQCVGDLTVAQCQDCVAEAIRRLKAECGGAVFGDMFLAKCYARYTTSGAQNYATSNHESSHSESEKTFALIIGLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器