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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002883

染色体: Chr04 坐标: 45048692-45049854 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002883
名称SmilChr04G002883
描述benzyl alcohol O-benzoyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向45048692 - 45049854 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023498
GeneID131023498
locus_tag-
NCBI NameLOC131023498
原始查询SmilChr04G002883

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述benzyl alcohol O-benzoyltransferase-like
产物benzyl alcohol O-benzoyltransferase-like
ArabidopsisAT3G03480 (CHAT)
acetyl CoA:(Z)-3-hexen-1-ol acetyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821249]
identity=49.9; qcov=0.986; evalue=5.5e-114; confidence=high
RiceOs06g0710700
-
identity=46.5; qcov=0.995; evalue=2.55e-105; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF02458 (Transferase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023498

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057809024.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057809024.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809024.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809024.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809024.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:45048711 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr4:45048904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B65,B82,C60,D7
Chr4:45048927 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:45048952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr4:45048961 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B33,B44
Chr4:45048961 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,B44
Chr4:45048977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:45049018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:45049174 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B130,C53
Chr4:45049330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,B44
Chr4:45049386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr4:45049624 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809024.1
368 aa
N
1
184
368
Transferase
C
PF02458 Transferase 15-367 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809024.1 Pfam PF02458 Transferase Family 15 367 1.4e-58 199.3 Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953041.1
CTTCAAGGTGGAGAGAAAAAACCCAGAGTTGATCGGTCCGACATCGACGACCAAGGGGGCCTCCGTTTCCAAACTCCGGTGATTCAATTCTACAGGAGAAACCCTTCCGCGGAAGGAAAAGACCCTGTGAAAGCGATCCGTGACGCCATTGCTAAGGCCTTGGTTTTCTACTACCCTTTCGCGGGGCGGCTGAGGGAGAGCGCCGCCGGGAAGCTGGTGGTGGAGTGCACCGGAGAGGGTGTGGTGTTCATTGAGGCTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023498
CTTCAAGGTGGAGAGAAAAAACCCAGAGTTGATCGGTCCGACATCGACGACCAAGGGGGCCTCCGTTTCCAAACTCCGGTGATTCAATTCTACAGGAGAAACCCTTCCGCGGAAGGAAAAGACCCTGTGAAAGCGATCCGTGACGCCATTGCTAAGGCCTTGGTTTTCTACTACCCTTTCGCGGGGCGGCTGAGGGAGAGCGCCGCCGGGAAGCTGGTGGTGGAGTGCACCGGAGAGGGTGTGGTGTTCATTGAGGCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809024.1
LQGGEKKPRVDRSDIDDQGGLRFQTPVIQFYRRNPSAEGKDPVKAIRDAIAKALVFYYPFAGRLRESAAGKLVVECTGEGVVFIEADADVALQQLGDTLYPPFPYLHKLLYDVPPTAGIINCPLLLIQVTNELKLIKRRQVTRLTCGGFVFALRLNHTISDAVGLAQLLSAVGELARGDESPSIQPVWERHLLSARNPPRETCAHHEYGHTSEGSHTQAHHIVESSFFFSATDISALRSSLPPHLRGCSSFEIAAACTWR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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