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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002889

染色体: Chr04 坐标: 45100139-45107774 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002889
名称SmilChr04G002889
描述uncharacterized SmilChr04G002889
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向45100139 - 45107774 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021974
GeneID131021974
locus_tag-
NCBI NameLOC131021974
原始查询SmilChr04G002889

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842907]; symbol=AT1G65950; hit=AT1G65950; species=arabidopsis; confidence=high
产物Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842907]; symbol=AT1G65950; hit=AT1G65950; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G65950 (AT1G65950)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842907]
identity=58.2; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0549635
-
identity=60.3; qcov=0.899; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF03109 (ABC1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021974

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057807290.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057807290.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057807290.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057807290.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807290.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:45100314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr4:45100422 C CT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 2 C6,C9
Chr4:45100422 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 C6,C9
Chr4:45101354 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 12 A5,B101,B104,B113,B13,B36,B4,C19,C34,C60,C61,D5
Chr4:45101385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:45101393 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B113,B36,D5
Chr4:45101393 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B36,D5
Chr4:45106679 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B130,B63,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807290.1
533 aa
N
1
266
533
ABC1
C
PF03109 ABC1 129-373 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807290.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 129 373 1.1e-86 290.7 ABC1 atypical kinase-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951307.1
CACTTATGAAATGGGAGACAACGAGTTTTCAGTAACATATTTACAGTGTCGAAGCCGAATTTACCGCGATTCTTTTGGCGGTTAACTGTTAACTCAAGTAAAAATTCCGTTTTGTTCCGCTGAGGCCGAGACGGAAACCGAGTCTCCAGCAGCTGAGAGATGAGTAGACATGGAGGTTTGAAGTTAGGCGCCAAAACCTCGCTCTATGTGCTCACCGCCGCTGGCTTCGCTGCCGCCGCCACCTACGACTCTTCCGACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021974
ATGAGTAGACATGGAGGTTTGAAGTTAGGCGCCAAAACCTCGCTCTATGTGCTCACCGCCGCTGGCTTCGCTGCCGCCGCCACCTACGACTCTTCCGACTCTGGCAAAACAATCAATTTTCCCCCTAACTTTTTAAACGGCGTCGTTCGCTCCTCCCGCGCCCTCTTTACCATCAGTTCTTGCGTGGTTGACTACAAGTATTCGTTGCACGGTTTACCAGCTGATTCGAAGGAGTATGGATTCACATTATCTGAGATCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807290.1
MSRHGGLKLGAKTSLYVLTAAGFAAAATYDSSDSGKTINFPPNFLNGVVRSSRALFTISSCVVDYKYSLHGLPADSKEYGFTLSEIHLRSARRIQNLCDTNKGFYVKAGQFVAAARQVPHEYSSTLSSLQDQAIPCNFEAVKEVIVKSLGKDLSEIFLSFDQQAVAAASIAQVHRAILKDHQEVAVKVQYPGLEYQMKFDLTTMALLSRTVAWFFPEYRFKWMVSEFTKSIASELDFIQEAKNSERAANNFKSNKMVKFP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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