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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002898`

染色体: Chr04 坐标: 45266190-45267964 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002898`
名称	SmilChr04G002898
描述	uncharacterized SmilChr04G002898
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	45266190 - 45267964 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023500`
GeneID	`131023500`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023500`
原始查询	`SmilChr04G002898`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=25.7; qcov=0.81; evalue=6.34e-46; confidence=low
Rice	`Os06g0704400` - identity=33.8; qcov=1.04; evalue=3.36e-94; confidence=low
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005507 (copper ion binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023500

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809025.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809025.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809025.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809025.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057809025.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:45266230`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B128,B136
`Chr4:45266298`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B20,B5,C10
`Chr4:45266326`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr4:45266345`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B98,C14
`Chr4:45266345`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B98,C14
`Chr4:45266362`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B105,B26,B35,B61
`Chr4:45266510`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,B18,B89,C54
`Chr4:45266591`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B92,C11,C69
`Chr4:45266720`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B20,B5,C10
`Chr4:45266721`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr4:45266830`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B128,B136
`Chr4:45266830`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B128,B136

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809025.1

543 aa

272

543

MULE

Transposase_mut

SWIM

PF10551 MULE 92-186 aa PF00872 Transposase_mut 110-246 aa PF04434 SWIM 339-369 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809025.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	92	186	2e-14	54.4	MULE transposase domain
`XP_057809025.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	110	246	1.2e-06	28.4	Transposase, Mutator family
`XP_057809025.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	339	369	1.1e-08	35.1	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953042.1
ATGGATATAGGAGAACTACAGGCTGACATTATAGCTAAGTATGAGATTGAACCCTCAAGGGGCCGATTATATAGGGCCAAGGCAGAGGCCTTGGAGTTGTTGAGAGGGACAGTTACTCACCATTATGCAAGCTTGAGGCCTTACATATTAGAGTTGATGAGGGCTGATCCAGAGGGTAGGTTTGAGCTCTTGACAGATGGTGGGGTATTCAAGGCTTTATACATTGGGTTTAGTTCATTGAAGAAGGGGTTTATGGAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023500
ATGGATATAGGAGAACTACAGGCTGACATTATAGCTAAGTATGAGATTGAACCCTCAAGGGGCCGATTATATAGGGCCAAGGCAGAGGCCTTGGAGTTGTTGAGAGGGACAGTTACTCACCATTATGCAAGCTTGAGGCCTTACATATTAGAGTTGATGAGGGCTGATCCAGAGGGTAGGTTTGAGCTCTTGACAGATGGTGGGGTATTCAAGGCTTTATACATTGGGTTTAGTTCATTGAAGAAGGGGTTTATGGAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809025.1
MDIGELQADIIAKYEIEPSRGRLYRAKAEALELLRGTVTHHYASLRPYILELMRADPEGRFELLTDGGVFKALYIGFSSLKKGFMEGCRWILGLDGCFLKTHLGGQLLSAIAKDGNDQMYPLAWAVVEVENEECWTWFLNILLQELGVVDGMGISFISDQQKGLINAVQNLASFAEHRNCARHVYCNWKKEFKGPTLKNLFWKAARSTYQAQWEAALEEIKVENEAAYEDFNSRDYRRFCKVLLSTQVQNDMVDNNISET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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