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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002902

染色体: Chr04 坐标: 45295783-45296742 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002902
名称SmilChr04G002902
描述uncharacterized SmilChr04G002902
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向45295783 - 45296742 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021985
GeneID131021985
locus_tag-
NCBI NameLOC131021985
原始查询SmilChr04G002902

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OsGSTL2; symbol=OsGSTL2; hit=Os03g0283100; species=rice; confidence=low
产物OsGSTL2; symbol=OsGSTL2; hit=Os03g0283100; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G02790 (GSTL3)
Glutathione S-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831798]
identity=65.1; qcov=0.41; evalue=6.85e-12; confidence=low
RiceOs03g0283100 (OsGSTL2)
-
identity=56.5; qcov=0.59; evalue=1.79e-15; confidence=low
GOGO:0004364 (glutathione transferase activity)
KEGG-
PfamPF13417 (GST_N_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021985

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057807301.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807301.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807301.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807301.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807301.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:45295870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr4:45295920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr4:45296380 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807301.1
105 aa
N
1
52
105
GST_N_3
C
PF13417 GST_N_3 37-74 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807301.1 Pfam PF13417 GST_N_3 Domain 37 74 1.3e-05 26.1 Glutathione S-transferase, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951318.1
TTCTTAAATTTGGAGGAATTAATTATTACATGCTAATACCAAATTTTCGATTATTAAGTTGTTTCAAATAAATAAATAAAATTAATACTTAGTTATGTTCCATTATAAAATTGTTTCATATATTCCAATCCCTTTATTTTCTCAACCAAATCTTACAATCTATTCAAACACATTATCTTTTCATTCTATTTTCCAAACTTATTTCAGTTTAACGCCATTTTTCAAAACTCCCTCCAATAGAAGTCCCACTACTCCACTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021985
ATGAACCATCCGCCGCTCTGCTCCATCAGCCGCGTGCAAGAAGTTCTTCCGCTCCTCTTCAATTCAACTTCTCTTGATCCACCACCACTCTTCGATGGAACCACTAGGTTATACGTGTTTTACGAGTGCCCCTTTTGCCAGCGTGTGTGGATTGTCAGGAACTACAAGGTTGAAGCTTGGAAATGGATTGCAATACGACAAGTCGATGAAGATGAAGAGCTTGGTTTATCTTCAAGACACATAATAGATTTTTGGCACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807301.1
MNHPPLCSISRVQEVLPLLFNSTSLDPPPLFDGTTRLYVFYECPFCQRVWIVRNYKVEAWKWIAIRQVDEDEELGLSSRHIIDFWHLSYLNVLECLQLTYYFDFM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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