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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002904

染色体: Chr04 坐标: 45306562-45311443 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002904
名称SmilChr04G002904
描述uncharacterized SmilChr04G002904
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向45306562 - 45311443 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021987
GeneID131021987
locus_tag-
NCBI NameLOC131021987
原始查询SmilChr04G002904

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述plant/protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842902]; symbol=AT1G65900; hit=AT1G65900; species=arabidopsis; confidence=high
产物plant/protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842902]; symbol=AT1G65900; hit=AT1G65900; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G65900 (AT1G65900)
plant/protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842902]
identity=65.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0120000
-
identity=68.2; qcov=0.212; evalue=1.5e-35; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021987

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057807303.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057807303.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057807303.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807303.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807303.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:45309847 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 11 A16,B1,B126,B127,B133,B27,B42,B43,B51,C70,D5
Chr4:45309927 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:45310217 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B17
Chr4:45310217 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009101118.1
TAAAATTGGAAAAAAGAAGATGACAGAAACAAAGGCAAATTTCGGTTCACGGGTCTCTAATGGATTAACCACTAACCAACAATCTCCCTCTCCCTTTTACAGATCCCAAACAATTCTCTCTTCAAATCATTAATATTTTCTTTCTCTCTCATTCACACACACACACACACCATCTGTATATGCATGCGTATTGCTGAGATTTAGAGAGAGAGGTTTTAAAAGATGATGATGATGTTGCATTTGCAGATTTTGTTGGTTTC...
XM_057951320.1
AAAAAAGAAGATGACAGAAACAAAGGCAAATTTCGGTTCACGGGTCTCTAATGGATTAACCACTAACCAACAATCTCCCTCTCCCTTTTACAGATCCCAAACAATTCTCTCTTCAAATCATTAATATTTTCTTTCTCTCTCATTCACACACACACACACACCATCTGTATATGCATGCGTATTGCTGAGATTTAGAGAGAGAGGTTTTAAAAGATGATGATGATGTTGCATTTGCAGATTTTGTTGGTTTCAAGCTGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021987
ATGATGATGATGTTGCATTTGCAGATTTTGTTGGTTTCAAGCTGTTTGTGGGTGTGCAGTTTTGTTGAAATTGAAGCAGCTACTCCAACTGTGAAACTTGGGAACATTTCACAAGTAGAAGATGCAGCTTATTTTAGGATTTATTATGGACAGACATTCAAAGTCATCAAGAATGGCTTTGATGGCAAGAGTTATCTTCTCATTCAGAATAATTCAAAGATGGCGACTAGAACAAAATACTGCACGTCAAGGATAAAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807303.1
MMMMLHLQILLVSSCLWVCSFVEIEAATPTVKLGNISQVEDAAYFRIYYGQTFKVIKNGFDGKSYLLIQNNSKMATRTKYCTSRIKSFVVPLANYSIDADFFPVSFFELLGLVGSLKGATSDNVVSECVLKVYNEGQVQLMNRSSAQQFAAHFIVDTNQPQSCNFATFLSAGEDAPLQRAEWIKYLGVFANLETRANQVYDTIKKNYMCLSKAATTKKAEFKPIVAWMQYDNDGVWSFTEEAIKLKYVEDAGGENIDESI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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