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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002935

染色体: Chr04 坐标: 45596134-45598702 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002935
名称SmilChr04G002935
描述protein ROOT PRIMORDIUM DEFECTIVE 1
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向45596134 - 45598702 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023747
GeneID131023747
locus_tag-
NCBI NameLOC131023747
原始查询SmilChr04G002935

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ROOT PRIMORDIUM DEFECTIVE 1
产物protein ROOT PRIMORDIUM DEFECTIVE 1
ArabidopsisAT1G06440 (AT1G06440)
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837156]
identity=65.7; qcov=0.941; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0510300
-
identity=46; qcov=0.952; evalue=5.41e-93; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding)
KEGG-
PfamPF11955 (PORR)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023747

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057809294.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057809294.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809294.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809294.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809294.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:45596412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr4:45596451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C8
Chr4:45596562 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,C27
Chr4:45596740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B136
Chr4:45596965 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B56,B96,C35
Chr4:45596991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C80,D6
Chr4:45597155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:45597184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809294.1
393 aa
N
1
196
393
PORR
C
PF11955 PORR 35-374 aa
XP_057809295.1
393 aa
N
1
196
393
PORR
C
PF11955 PORR 35-374 aa
XP_057809296.1
393 aa
N
1
196
393
PORR
C
PF11955 PORR 35-374 aa
XP_057809297.1
393 aa
N
1
196
393
PORR
C
PF11955 PORR 35-374 aa
XP_057809298.1
393 aa
N
1
196
393
PORR
C
PF11955 PORR 35-374 aa
XP_057809299.1
393 aa
N
1
196
393
PORR
C
PF11955 PORR 35-374 aa
XP_057809300.1
393 aa
N
1
196
393
PORR
C
PF11955 PORR 35-374 aa
XP_057809301.1
393 aa
N
1
196
393
PORR
C
PF11955 PORR 35-374 aa
XP_057809302.1
393 aa
N
1
196
393
PORR
C
PF11955 PORR 35-374 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809294.1 Pfam PF11955 PORR Family 35 374 2.1e-106 356.3 Plant organelle RNA recognition domain
XP_057809295.1 Pfam PF11955 PORR Family 35 374 2.1e-106 356.3 Plant organelle RNA recognition domain
XP_057809296.1 Pfam PF11955 PORR Family 35 374 2.1e-106 356.3 Plant organelle RNA recognition domain
XP_057809297.1 Pfam PF11955 PORR Family 35 374 2.1e-106 356.3 Plant organelle RNA recognition domain
XP_057809298.1 Pfam PF11955 PORR Family 35 374 2.1e-106 356.3 Plant organelle RNA recognition domain
XP_057809299.1 Pfam PF11955 PORR Family 35 374 2.1e-106 356.3 Plant organelle RNA recognition domain
XP_057809300.1 Pfam PF11955 PORR Family 35 374 2.1e-106 356.3 Plant organelle RNA recognition domain
XP_057809301.1 Pfam PF11955 PORR Family 35 374 2.1e-106 356.3 Plant organelle RNA recognition domain
XP_057809302.1 Pfam PF11955 PORR Family 35 374 2.1e-106 356.3 Plant organelle RNA recognition domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953312.1
ATGGCAACCCAATTATTCAAGAAGCTCAGCTCCACCGCCACCGCCTTCTCCTTCCTCCGCCGTGCGAAAACCACCTCCGCCCAATACGTGGCGTCAAGAGCGCGAGACCCGACATTCGAGAAGCTAATGGAGAGATACAAGAACCTCCTCAGAGTCATCTCTATACAAGATCTCATCCTCGCCTCCAATTCCACCCCGCCGGCCGTCTCCCTCGACTTCATCAGCCGCCTCTCCCAGCGCATCCACCTCAACCGCGGTGC...
XM_057953311.1
ATGGCAACCCAATTATTCAAGAAGCTCAGCTCCACCGCCACCGCCTTCTCCTTCCTCCGCCGTGCGAAAACCACCTCCGCCCAATACGTGGCGTCAAGAGCGCGAGACCCGACATTCGAGAAGCTAATGGAGAGATACAAGAACCTCCTCAGAGTCATCTCTATACAAGATCTCATCCTCGCCTCCAATTCCACCCCGCCGGCCGTCTCCCTCGACTTCATCAGCCGCCTCTCCCAGCGCATCCACCTCAACCGCGGTGC...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC131023747
ATGGCAACCCAATTATTCAAGAAGCTCAGCTCCACCGCCACCGCCTTCTCCTTCCTCCGCCGTGCGAAAACCACCTCCGCCCAATACGTGGCGTCAAGAGCGCGAGACCCGACATTCGAGAAGCTAATGGAGAGATACAAGAACCTCCTCAGAGTCATCTCTATACAAGATCTCATCCTCGCCTCCAATTCCACCCCGCCGGCCGTCTCCCTCGACTTCATCAGCCGCCTCTCCCAGCGCATCCACCTCAACCGCGGTGC...
LOC131023747
ATGGCAACCCAATTATTCAAGAAGCTCAGCTCCACCGCCACCGCCTTCTCCTTCCTCCGCCGTGCGAAAACCACCTCCGCCCAATACGTGGCGTCAAGAGCGCGAGACCCGACATTCGAGAAGCTAATGGAGAGATACAAGAACCTCCTCAGAGTCATCTCTATACAAGATCTCATCCTCGCCTCCAATTCCACCCCGCCGGCCGTCTCCCTCGACTTCATCAGCCGCCTCTCCCAGCGCATCCACCTCAACCGCGGTGC...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057809294.1
MATQLFKKLSSTATAFSFLRRAKTTSAQYVASRARDPTFEKLMERYKNLLRVISIQDLILASNSTPPAVSLDFISRLSQRIHLNRGAAVFLRRYPHIFHIFNHPDKLQPFCALTPTALQIVRQESEAIEKTLPLAITRLVKILSMSLTKKLPLRAIFKVWKELGLPDDFEDSIISRNPEVFALEDGNEINTHYLVLNDSDEFRDCLVPAVENWRMMECCREECSVDRTELKYSFKQGFPPGMRLGKNLKAKVKEWQRLPY...
XP_057809295.1
MATQLFKKLSSTATAFSFLRRAKTTSAQYVASRARDPTFEKLMERYKNLLRVISIQDLILASNSTPPAVSLDFISRLSQRIHLNRGAAVFLRRYPHIFHIFNHPDKLQPFCALTPTALQIVRQESEAIEKTLPLAITRLVKILSMSLTKKLPLRAIFKVWKELGLPDDFEDSIISRNPEVFALEDGNEINTHYLVLNDSDEFRDCLVPAVENWRMMECCREECSVDRTELKYSFKQGFPPGMRLGKNLKAKVKEWQRLPY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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