Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002947`

染色体: Chr04 坐标: 45801212-45802033 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002947`
名称	SmilChr04G002947
描述	uncharacterized SmilChr04G002947
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	45801212 - 45802033 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023755`
GeneID	`131023755`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023755`
原始查询	`SmilChr04G002947`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023755

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809310.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057809310.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057809310.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809310.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809310.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:45801478`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C48,C77
`Chr4:45801483`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	123	A10,A11,A13,A14,A18,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A3,A4,A9,B1,B102,B103,B105,B106,B108,B11,B111,B113,B114,B12,B120,B123,B125,B127,B13,B132,B138,B139,B15,B16,B18,B19,B21,B22,B24,B25,B28,B31,B33,B37,B38,B40,B44,B45,B46,B47,B49,B53,B57,B6,B60,B61,B62,B66,B69,B7,B77,B78,B79,B8,B85,B86,B87,B88,B9,B90,B91,B97,B98,C16,C19,C22,C26,C27,C28,C30,C31,C35,C36,C37,C38,C39,C40,C42,C44,C45,C46,C50,C52,C53,C54,C55,C58,C6,C60,C62,C63,C65,C67,C68,C70,C72,C73,C74,C76,C78,C80,C84,C85,C86,C87,C9,D2,D3,D4,D7,D8,D9
`Chr4:45801503`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	60	A1,A19,A2,A4,A5,B10,B101,B102,B105,B109,B11,B110,B120,B122,B124,B129,B131,B135,B139,B140,B18,B27,B3,B47,B49,B50,B57,B69,B7,B71,B72,B73,B74,B78,B79,B83,B88,B93,B94,C13,C18,C24,C27,C28,C29,C4,C49,C52,C7,C71,C75,C76,C79,C8,C82,D11,D3,D7,D8,D9
`Chr4:45801521`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B103,C4,C41
`Chr4:45801547`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,B26,B3,B67
`Chr4:45801693`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B32,B77,B86
`Chr4:45801700`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,D6
`Chr4:45801762`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:45801768`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,B26,B3,B67
`Chr4:45801838`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr4:45801839`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,D6
`Chr4:45801858`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953327.1
CTATGGTTGATTCGTAATCCTGTTGGATGGATTTATGGTCCTGAGTTCGAATCCCAAAGGTAACAAAAGTTTATTTTTCACAATTCACACCTTTATACAGTGAATTCATACGTGTTCTACATAAAATTCATATATTAAAAATTGCTCTTATTTCTTATTTTAAGACGTGCTCTCACGGTAGCCCACCCCTATATATATATATATATTACCTTATTTAATTATCTTATATACATGCATGAACAGATCTCGGATGATGGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023755
ATGAACAGATCTCGGATGATGGAATCCCTCAGGATGCGGCGAACTATAGCACCTTCCTTCCACCTCCACATGTGCAGAGATGGAAGTTATGTGTCAGATAGGGATGCCAGACTTGATGCGGAGATTCATCGCGTTGCTGCTGAGACAGGACGAGAGGACAGACGCGATGAGGTCTACTTGGAGGTCGTACGTCCCGGTAGGTCACGACTCTACGGCACTGGAAGTGCCGGTGTGAGCCAGTGTAGTAGGGGATTTACTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809310.1
MNRSRMMESLRMRRTIAPSFHLHMCRDGSYVSDRDARLDAEIHRVAAETGREDRRDEVYLEVVRPGRSRLYGTGSAGVSQCSRGFTGSTGTCGMSQQMYETRISTLKERL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器