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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002952

染色体: Chr04 坐标: 45841750-45849607 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002952
名称SmilChr04G002952
描述auxin response factor 8-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向45841750 - 45849607 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023761
GeneID131023761
locus_tag-
NCBI NameLOC131023761
原始查询SmilChr04G002952

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述auxin response factor 8-like
产物auxin response factor 8-like
ArabidopsisAT5G37020 (ARF8)
auxin response factor 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833672]
identity=61.7; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0671900 (ARF12)
-
identity=59.1; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009725 (response to hormone)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02309 (AUX_IAA); PF02362 (B3); PF06507 (ARF_AD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023761

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809319.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809319.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809319.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809319.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057809319.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:45842024 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 4 B107,B130,B63,C53
Chr4:45842024 C CT 1bp_insertion CDS_variant 4 B107,B130,B63,C53
Chr4:45842377 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr4:45842432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B59
Chr4:45842444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr4:45842544 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,D6
Chr4:45842559 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,A20,B72,B98
Chr4:45842768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B130,B63,C53
Chr4:45842784 GTT G 2bp_deletion frameshift_variant 1 C20
Chr4:45842784 GTT G 2bp_deletion CDS_variant 1 C20
Chr4:45842848 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C58
Chr4:45843048 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B124,B27,B48,C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809319.1
782 aa
N
1
391
782
B3
ARF_AD
AUX_IAA
C
PF02362 B3 127-228 aa PF06507 ARF_AD 276-359 aa PF02309 AUX_IAA 666-756 aa
XP_057809320.1
705 aa
N
1
352
705
B3
ARF_AD
AUX_IAA
C
PF02362 B3 50-151 aa PF06507 ARF_AD 199-282 aa PF02309 AUX_IAA 588-679 aa
XP_057809321.1
686 aa
N
1
343
686
B3
ARF_AD
AUX_IAA
C
PF02362 B3 31-132 aa PF06507 ARF_AD 180-263 aa PF02309 AUX_IAA 569-660 aa
XP_057809322.1
686 aa
N
1
343
686
B3
ARF_AD
AUX_IAA
C
PF02362 B3 31-132 aa PF06507 ARF_AD 180-263 aa PF02309 AUX_IAA 569-660 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809319.1 Pfam PF02362 B3 Domain 127 228 9.8e-23 80.7 B3 DNA binding domain
XP_057809319.1 Pfam PF06507 ARF_AD Domain 276 359 5.8e-34 116.5 Auxin response factor ancillary domain
XP_057809319.1 Pfam PF02309 AUX_IAA Family 666 756 7.2e-10 39.7 AUX/IAA family
XP_057809320.1 Pfam PF02362 B3 Domain 50 151 7.4e-23 81.1 B3 DNA binding domain
XP_057809320.1 Pfam PF06507 ARF_AD Domain 199 282 4.7e-34 116.8 Auxin response factor ancillary domain
XP_057809320.1 Pfam PF02309 AUX_IAA Family 588 679 5.7e-10 40.1 AUX/IAA family
XP_057809321.1 Pfam PF02362 B3 Domain 31 132 6.9e-23 81.2 B3 DNA binding domain
XP_057809321.1 Pfam PF06507 ARF_AD Domain 180 263 4.9e-34 116.8 Auxin response factor ancillary domain
XP_057809321.1 Pfam PF02309 AUX_IAA Family 569 660 5.3e-10 40.2 AUX/IAA family
XP_057809322.1 Pfam PF02362 B3 Domain 31 132 6.9e-23 81.2 B3 DNA binding domain
XP_057809322.1 Pfam PF06507 ARF_AD Domain 180 263 4.9e-34 116.8 Auxin response factor ancillary domain
XP_057809322.1 Pfam PF02309 AUX_IAA Family 569 660 5.3e-10 40.2 AUX/IAA family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953336.1
GTAATTAACTTTTTTTTAAAAATCCCACGTCCGGTTTCTCTCCACCTCATCTGACATCTCCCTGACTCCCTCTCCATCTCTCTTCCATTTCCAGACAACATCATCCCATCATCTATCCTTGACTCACCAGTCCCCATTGTTGTACAAGATAATCCACACGCCGGAGATATTTGGGGCTTGGGAGTTGGGACTGACGTTGCTGGAGTAGTACGTCGGTCATTTTCCCTACCTGGCGCCGCGGCAGATGCCCGATTGGGCCA...
XM_057953338.1
GGTCAGCAGGCTCATGAAGGTTGCTGCAACAACTAATAAAGAAGTCGATGCCCACATACCCAATTACCCGAGCTTGTCGCCCCAATTAATCTGTCAACTCCACAATGTTACCATGCATGTGGGTTTTCTTCGGCAGATGTTGAAACTGATGAAGTATATGCTCAGATGACATTGCAGCCTCTGACTCCTCAAGAACAAAAAGATGCATATCTTCCGGTGGAGCTAGGAATGCCTAGCAGGCAACCGACCAATTACTTTTG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131023761
ATGAAGCTTTCAACATCAGAGATGGGTCAGCAGGCTCATGAAGGGGAGAAGAAGTGCTTGAATTCTGAGCTATGGCATGCCTGTGCTGGTCCTTTAGTGTCATTGCCAACAGTTGGAACTCGTGTGGTTTATTTCCCTCAGGGTCACAGTGAGCAGGTTGCTGCAACAACTAATAAAGAAGTCGATGCCCACATACCCAATTACCCGAGCTTGTCGCCCCAATTAATCTGTCAACTCCACAATGTTACCATGCATGCAGA...
LOC131023761
ATGTTACCATGCATGTGGGTTTTCTTCGATGTTGAAACTGATGAAGTATATGCTCAGATGACATTGCAGCCTCTGACTCCTCAAGAACAAAAAGATGCATATCTTCCGGTGGAGCTAGGAATGCCTAGCAGGCAACCGACCAATTACTTTTGCAAGACTCTCACTGCAAGTGATACTAGCACTCATGGAGGCTTCTCAGTTCCTCGTCGTGCTGCAGAGAAAGTTTTCCCACCTTTGGATTTCTCACAAACACCCCCTGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057809319.1
MKLSTSEMGQQAHEGEKKCLNSELWHACAGPLVSLPTVGTRVVYFPQGHSEQVAATTNKEVDAHIPNYPSLSPQLICQLHNVTMHADVETDEVYAQMTLQPLTPQEQKDAYLPVELGMPSRQPTNYFCKTLTASDTSTHGGFSVPRRAAEKVFPPLDFSQTPPAQELMARDLHDVEWKFRHIFRGQPKRHLLTTGWSVFVSAKRLVAGDSVLFIWNEKNQLLLGIRRATRPQTVMPSSVLSSDSMHIGLLAAAAHATATN...
XP_057809320.1
MLPCMWVFFDVETDEVYAQMTLQPLTPQEQKDAYLPVELGMPSRQPTNYFCKTLTASDTSTHGGFSVPRRAAEKVFPPLDFSQTPPAQELMARDLHDVEWKFRHIFRGQPKRHLLTTGWSVFVSAKRLVAGDSVLFIWNEKNQLLLGIRRATRPQTVMPSSVLSSDSMHIGLLAAAAHATATNSCFTVFFNPRASPSEFVIPLSKYAKAVYHTRVSVGMRFRMLFETEESSVRRYMGTITGIGDLDPVRWANSHWRSVKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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