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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002968

染色体: Chr04 坐标: 46039958-46046766 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002968
名称SmilChr04G002968
描述FACT complex subunit SPT16-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向46039958 - 46046766 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023771
GeneID131023771
locus_tag-
NCBI NameLOC131023771
原始查询SmilChr04G002968

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述FACT complex subunit SPT16-like
产物FACT complex subunit SPT16-like
ArabidopsisAT4G10710 (SPT16)
global transcription factor C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826665]
identity=67.5; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0321600 (Osspt16)
-
identity=68.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006368 (transcription elongation by RNA polymerase II); GO:0031491 (nucleosome binding); GO:0032968 (positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II); GO:0035101 (FACT complex)
KEGG-
PfamPF00557 (Peptidase_M24); PF08512 (Rttp106-like_middle); PF08644 (SPT16); PF14826 (FACT-Spt16_Nlob); PF21091 (SPT16_C); PF24824 (PH_SPT16)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023771

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809336.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057809336.1
3 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057809336.1
4 Chromatin 染色质 0.60000 XP_057809336.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809336.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:46042780 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr4:46042855 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,D6
Chr4:46042978 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr4:46043110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr4:46043572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr4:46044339 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr4:46044412 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr4:46044457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B20,B5,C10
Chr4:46044601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr4:46044849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr4:46044920 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:46045180 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809336.1
1067 aa
N
1
534
1067
FACT-Spt16_Nlob
Peptidase_M24
SPT16
PH_SPT16
Rttp106-like_middle
SPT16_C
C
PF14826 FACT-Spt16_Nlob 22-188 aa PF00557 Peptidase_M24 204-433 aa PF08644 SPT16 550-663 aa PF24824 PH_SPT16 673-804 aa PF08512 Rttp106-like_middle 830-918 aa PF21091 SPT16_C 957-1040 aa
XP_057809337.1
1067 aa
N
1
534
1067
FACT-Spt16_Nlob
Peptidase_M24
SPT16
PH_SPT16
Rttp106-like_middle
SPT16_C
C
PF14826 FACT-Spt16_Nlob 22-188 aa PF00557 Peptidase_M24 204-433 aa PF08644 SPT16 550-663 aa PF24824 PH_SPT16 673-804 aa PF08512 Rttp106-like_middle 830-918 aa PF21091 SPT16_C 957-1040 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809336.1 Pfam PF14826 FACT-Spt16_Nlob Domain 22 188 1.9e-45 155.2 FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain
XP_057809336.1 Pfam PF00557 Peptidase_M24 Domain 204 433 1e-28 101.2 Metallopeptidase family M24
XP_057809336.1 Pfam PF08644 SPT16 Domain 550 663 5.8e-37 127.2 FACT complex subunit (SPT16/CDC68)
XP_057809336.1 Pfam PF24824 PH_SPT16 Domain 673 804 1.2e-52 178.0 FACT complex subunit SPT16 PH-like domain
XP_057809336.1 Pfam PF08512 Rttp106-like_middle Domain 830 918 3.4e-24 85.7 Histone chaperone Rttp106-like, middle domain
XP_057809336.1 Pfam PF21091 SPT16_C Domain 957 1040 1.2e-16 61.4 FACT complex subunit SPT16, C-terminal domain
XP_057809337.1 Pfam PF14826 FACT-Spt16_Nlob Domain 22 188 1.9e-45 155.2 FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain
XP_057809337.1 Pfam PF00557 Peptidase_M24 Domain 204 433 1e-28 101.2 Metallopeptidase family M24
XP_057809337.1 Pfam PF08644 SPT16 Domain 550 663 5.8e-37 127.2 FACT complex subunit (SPT16/CDC68)
XP_057809337.1 Pfam PF24824 PH_SPT16 Domain 673 804 1.2e-52 178.0 FACT complex subunit SPT16 PH-like domain
XP_057809337.1 Pfam PF08512 Rttp106-like_middle Domain 830 918 3.4e-24 85.7 Histone chaperone Rttp106-like, middle domain
XP_057809337.1 Pfam PF21091 SPT16_C Domain 957 1040 1.2e-16 61.4 FACT complex subunit SPT16, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XR_009101519.1
ATGAGAAGCAAGCACATAGCAGACCCCAGAAATATCTGAATCTCCCCTTCCTTTATCAGAATTCAAGAGCACAGAAAATCAGAAATCAATCAACTCAATCGCTATGGCTATTAGGTCGTTACCATAATTAACCTCTCAATACGCCTTCTCATTTTGTTTCGTCGCCTTCTCAATAATATTGTCTATGCTAACAAGGAGGAGAGGGGGAGCATTTCTGCATTTTACATGGCTGATAATCGCAATGTTAATAATGCCAAGGC...
XR_009101520.1
ATGAGAAGCAAGCACATAGCAGACCCCAGAAATATCTGAATCTCCCCTTCCTTTATCAGAATTCAAGAGCACAGAAAATCAGAAATCAATCAACTCAATCGCTATGGCTATTAGGTCGTTACCATAATTAACCTCTCAATACGCCTTCTCATTTTGTTTCGTCGCCTTCTCAATAATCGTTTCAGATTGTCTATGCTAACAAGGAGGAGAGGGGGAGCATTTCTGCATTTTACATGGCTGATAATCGCAATGTTAATAAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131023771
ATGGCTGATAATCGCAATGTTAATAATGCCAAGGCTGGAGCAAGTACAACCAGTCCCTTCACAATCAATCTTGAAAACTTCAGCAAACGGATAAAGGCACTGTACTCCCACTGGAATCACTTCAAGAATGATATGTGGGGTGGTTCCGAGGCGTTCTCCATAGCTACTCCTCCACGATCAGACGACCTCCGTTACCTAAAGTCGTCTGCCTTGAACATGTGGTTGGTCGGTTATGAGTTCCCAGACACAATCATGGTGTT...
LOC131023771
ATGGCTGATAATCGCAATGTTAATAATGCCAAGGCTGGAGCAAGTACAACCAGTCCCTTCACAATCAATCTTGAAAACTTCAGCAAACGGATAAAGGCACTGTACTCCCACTGGAATCACTTCAAGAATGATATGTGGGGTGGTTCCGAGGCGTTCTCCATAGCTACTCCTCCACGATCAGACGACCTCCGTTACCTAAAGTCGTCTGCCTTGAACATGTGGTTGGTCGGTTATGAGTTCCCAGACACAATCATGGTGTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057809336.1
MADNRNVNNAKAGASTTSPFTINLENFSKRIKALYSHWNHFKNDMWGGSEAFSIATPPRSDDLRYLKSSALNMWLVGYEFPDTIMVFMKKEIHLLCSQKKVSLLQVVKKPARDAVGVEVIMHVKGRNDDGSALMDDILEAVRAESRVDGYDNPIFGTIARETPEGSLLEVWDEKLKNANFQLTDVTNGFSDLFAVKDSVEITNVKKAAYLTSSVLKYFVVPKLEKIIDEEKEVTHSSLTDDTEKVITEPARIKVKLKADN...
XP_057809337.1
MADNRNVNNAKAGASTTSPFTINLENFSKRIKALYSHWNHFKNDMWGGSEAFSIATPPRSDDLRYLKSSALNMWLVGYEFPDTIMVFMKKEIHLLCSQKKVSLLQVVKKPARDAVGVEVIMHVKGRNDDGSALMDDILEAVRAESRVDGYDNPIFGTIARETPEGSLLEVWDEKLKNANFQLTDVTNGFSDLFAVKDSVEITNVKKAAYLTSSVLKYFVVPKLEKIIDEEKEVTHSSLTDDTEKVITEPARIKVKLKADN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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