当前解析结果
SmilChr04G002978| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002978 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002978 |
| 描述 | MLO-like protein 10 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 46174008 - 46250998 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023783 |
|---|---|
| GeneID | 131023783 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023783 |
| 原始查询 | SmilChr04G002978 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | MLO-like protein 10 |
| 产物 | MLO-like protein 10 |
| Arabidopsis | AT2G17480 (MLO8)Seven transmembrane MLO family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816254] identity=60.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os10g0541000 (OsMLO4)- identity=55.7; qcov=0.864; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0006952 (defense response); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03094 (Mlo) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023783 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057809353.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057809353.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057809353.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057809353.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057809353.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:46174334 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:46174344 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr4:46174358 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:46174371 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C20,C58 |
Chr4:46175165 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B122,C11,C50,C69,D11 |
Chr4:46175474 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:46176127 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:46176129 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B81,C6 |
Chr4:46176798 |
TAA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B60 |
Chr4:46176798 |
TAA |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B60 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809353.1PF03094
Mlo 11-460 aa
XP_057809354.1PF03094
Mlo 11-460 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809353.1 |
Pfam | PF03094 |
Mlo | Family | 11 | 460 | 4.4e-217 | 721.9 | Mlo family |
XP_057809354.1 |
Pfam | PF03094 |
Mlo | Family | 11 | 460 | 4.4e-217 | 721.9 | Mlo family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。