Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002981

染色体: Chr04 坐标: 46238388-46242612 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002981
名称SmilChr04G002981
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g44880
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向46238388 - 46242612 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023780
GeneID131023780
locus_tag-
NCBI NameLOC131023780
原始查询SmilChr04G002981

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g44880
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g44880
ArabidopsisAT2G44880 (AHG11)
Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819097]
identity=53.2; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0500600
-
identity=35.6; qcov=0.891; evalue=1.14e-118; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023780

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057809349.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809349.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809349.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809349.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809349.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:46240136 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr4:46240155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr4:46240276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr4:46240369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,D10
Chr4:46240399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr4:46240612 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,C83,D11
Chr4:46240657 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr4:46240841 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr4:46240842 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B135,C16,C80,D3,D7
Chr4:46241494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B81,C6
Chr4:46241545 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr4:46241591 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809349.1
603 aa
N
1
302
603
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
C
PF13041 PPR_2 79-126 aa PF01535 PPR 83-108 aa PF01535 PPR 155-180 aa PF01535 PPR 183-209 aa PF01535 PPR 218-246 aa PF13041 PPR_2 244-277 aa PF12854 PPR_1 245-272 aa PF01535 PPR 247-276 aa PF01535 PPR 278-304 aa PF01535 PPR 352-375 aa PF13041 PPR_2 379-424 aa PF13812 PPR_3 380-424 aa PF01535 PPR 381-410 aa PF01535 PPR 451-475 aa PF20431 E_motif 496-556 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809349.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 79 126 9.4e-64 212.1 PPR repeat family
XP_057809349.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 83 108 3.4e-68 222.0 PPR repeat
XP_057809349.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 155 180 3.4e-68 222.0 PPR repeat
XP_057809349.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 183 209 3.4e-68 222.0 PPR repeat
XP_057809349.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 218 246 3.4e-68 222.0 PPR repeat
XP_057809349.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 244 277 9.4e-64 212.1 PPR repeat family
XP_057809349.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 245 272 5.5e-44 148.3 PPR repeat
XP_057809349.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 247 276 3.4e-68 222.0 PPR repeat
XP_057809349.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 278 304 3.4e-68 222.0 PPR repeat
XP_057809349.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 352 375 3.4e-68 222.0 PPR repeat
XP_057809349.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 379 424 9.4e-64 212.1 PPR repeat family
XP_057809349.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 380 424 2.9e-16 60.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057809349.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 381 410 3.4e-68 222.0 PPR repeat
XP_057809349.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 451 475 3.4e-68 222.0 PPR repeat
XP_057809349.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 496 556 1.2e-16 61.4 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009101524.1
CGAAAGGTATAGTCCATTACTAGAGTCCAATTCCTTTCCCTATAACTCACGTTTCATCATTTTCTTTTCACATTCTCTCTCTAACTCACAGTCACGCTCCATTTCTCTCCCCCTGAATTTGCAGCGGCAGCTGCCGCCTCCTGGCCCGGTGAACACTCCGCCAGCCGCCGACTCCCACCGGCGTCTCCCTCTCTTTTTTTCCTCATCTCTCTCTATTCTCCCCCAATTTCAGAAAAGCATCTTCTTCCCCAAATCAAAAA...
XR_009101525.1
CGAAAGGTATAGTCCATTACTAGAGTCCAATTCCTTTCCCTATAACTCACGTTTCATCATTTTCTTTTCACATTCTCTCTCTAACTCACAGTCACGCTCCATTTCTCTCCCCCTGAATTTGCAGCGGCAGCTGCCGCCTCCTGGCCCGGTGAACACTCCGCCAGCCGCCGACTCCCACCGGCGTCTCCCTCTCTTTTTTTCCTCATCTCTCTCTATTCTCCCCCAATTTCAGAAAAGCATCTTCTTCCCCAAATCAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023780
ATGATAGAATCAGGAGTGCGTTGGAGCACAAGAGAGAGAAAGTGCCTCTCTCTCCTCCAACTGAAAGGCCACCGCACAACCACCCTCCTCCAAATCCACGCCTTCATGCTCGTCAACGCGCTCCACGACAACCTCAACCTCCTCACGAAGCTCATAACCACCTTCTCCGCCGCCAACCCGCACTGCGGCACTGCTCACGCCCGCCGTCTGTTCGATCAAATGCCGCACAGGTCCGATGCTTTCCTGTGCAACACTATGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809349.1
MIESGVRWSTRERKCLSLLQLKGHRTTTLLQIHAFMLVNALHDNLNLLTKLITTFSAANPHCGTAHARRLFDQMPHRSDAFLCNTMIKSHCSSRQFSVAVRLYAHLRREEGFVPDNYTFTTLPKCCGLDFLMREGMEVHAHVVRYGFNSNTYVTTALVDMYGKLGQMDFARKVFDEMIERSPVSWTALINGYIRGGDMDIAKAIFDGMPETQKDTAGFNVMLDGYVKLGEMRSAKMLFDAMPEKNVVSWTTMIDGYCSNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器