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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002983`

染色体: Chr04 坐标: 46254345-46255006 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002983`
名称	SmilChr04G002983
描述	uncharacterized SmilChr04G002983
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	46254345 - 46255006 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023516`
GeneID	`131023516`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023516`
原始查询	`SmilChr04G002983`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mitochondrial ribosomal protein L11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829701]; symbol=MRPL11; hit=AT4G35490; species=arabidopsis; confidence=high
产物	mitochondrial ribosomal protein L11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829701]; symbol=MRPL11; hit=AT4G35490; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G35490` (MRPL11) mitochondrial ribosomal protein L11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829701] identity=73; qcov=0.976; evalue=2.38e-63; confidence=high
Rice	`Os10g0466200` (OSJNBa0006L06.28) - identity=69; qcov=1.01; evalue=4.06e-58; confidence=high
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0015934 (large ribosomal subunit); GO:0070180 (large ribosomal subunit rRNA binding)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00298 (Ribosomal_L11); PF03946 (Ribosomal_L11_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023516

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057809043.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057809043.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809043.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809043.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809043.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:46254641`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	66	A11,A13,A14,A16,A18,A21,A25,A3,A5,A6,A7,B11,B113,B12,B123,B125,B132,B137,B138,B18,B19,B2,B21,B22,B28,B29,B30,B31,B37,B38,B39,B44,B45,B47,B6,B61,B62,B65,B68,B8,B80,B83,B91,B94,B98,C12,C13,C22,C30,C38,C40,C42,C47,C55,C59,C6,C62,C67,C75,C76,C84,C9,D1,D11,D2,D5
`Chr4:46254659`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	45	A1,A11,A3,A8,B10,B103,B107,B108,B118,B128,B139,B2,B22,B28,B35,B46,B48,B5,B53,B60,B64,B66,B75,B84,B85,C14,C20,C21,C27,C28,C29,C38,C41,C48,C50,C51,C58,C63,C7,C72,C73,C74,C81,C86,C87
`Chr4:46254705`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,B124,B27,B78,B79
`Chr4:46254708`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B119,B95,C22
`Chr4:46254733`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr4:46254737`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,B45,B97
`Chr4:46254846`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B122,C11,C50,C69
`Chr4:46254846`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B122,C11,C50,C69
`Chr4:46254870`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B58,C32,C66,C68
`Chr4:46254870`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B58,C32,C66,C68
`Chr4:46254888`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	A21,B20
`Chr4:46254888`	`C`	`CG`	1bp_insertion	CDS_variant	2	A21,B20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809043.1

125 aa

125

Ribosomal_L11_N

Ribosomal_L11

PF03946 Ribosomal_L11_N 15-58 aa PF00298 Ribosomal_L11 65-113 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809043.1`	Pfam	`PF03946`	Ribosomal_L11_N	Domain	15	58	1.9e-16	60.2	Ribosomal protein L11, N-terminal domain
`XP_057809043.1`	Pfam	`PF00298`	Ribosomal_L11	Domain	65	113	9.8e-17	61.9	Ribosomal protein L11, RNA binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953060.1
ATGACCCGACGTCCAGTGGCGGCGACGATCCGGCTGACGGTGCCGGTGCCTCCGGTGGGGCCCGCTCTGGGTCAGTACCGGTTGAATCTGATGGCATTCTGCAAGGATTTCAACGCCCGAACCCAGAAATACAAGGCCGAAACCCCAATGGCGGTGACGATCAGCGACAACACGTTCGAGTTCGCGGTGAAGTCTCCGTCGGTGACATGGTACCTGAAGAAGGCGGCGGGGATCGAGACCGGGAGCGGGCGGCCGGGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023516
ATGACCCGACGTCCAGTGGCGGCGACGATCCGGCTGACGGTGCCGGTGCCTCCGGTGGGGCCCGCTCTGGGTCAGTACCGGTTGAATCTGATGGCATTCTGCAAGGATTTCAACGCCCGAACCCAGAAATACAAGGCCGAAACCCCAATGGCGGTGACGATCAGCGACAACACGTTCGAGTTCGCGGTGAAGTCTCCGTCGGTGACATGGTACCTGAAGAAGGCGGCGGGGATCGAGACCGGGAGCGGGCGGCCGGGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809043.1
MTRRPVAATIRLTVPVPPVGPALGQYRLNLMAFCKDFNARTQKYKAETPMAVTITXDNTFEFAVKSPSVTWYLKKAAGIETGSGRPGHVSVSMITVKHVYEIAKIKQSDPYCHYWDRQFHGDQNL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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