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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002985`

染色体: Chr04 坐标: 46262735-46265981 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002985`
名称	SmilChr04G002985
描述	exosome complex exonuclease RRP44 homolog A-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	46262735 - 46265981 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023788`
GeneID	`131023788`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023788`
原始查询	`SmilChr04G002985`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	exosome complex exonuclease RRP44 homolog A-like
产物	exosome complex exonuclease RRP44 homolog A-like
Arabidopsis	`AT2G17510` (EMB2763) ribonuclease II family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816257] identity=70.7; qcov=0.82; evalue=3.48e-55; confidence=high
Rice	`Os03g0129200` - identity=69.2; qcov=0.8; evalue=2.12e-47; confidence=medium
GO	GO:0000175 (3'-5'-RNA exonuclease activity); GO:0000176 (nuclear exosome (RNase complex)); GO:0000177 (cytoplasmic exosome (RNase complex)); GO:0004519 (endonuclease activity); GO:0016075 (rRNA catabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF17216 (Rrp44_CSD1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023788

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809361.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057809361.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057809361.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057809361.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057809361.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:46264105`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B91,C36,C71,C85
`Chr4:46264161`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,C1,C3
`Chr4:46265731`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	63	A11,A19,A23,A4,A8,B102,B103,B105,B107,B109,B11,B110,B112,B114,B121,B126,B127,B129,B16,B18,B21,B37,B40,B46,B47,B49,B50,B53,B57,B58,B69,B7,B72,B73,B76,B81,B83,B88,B90,B92,B94,B97,C16,C31,C4,C41,C44,C52,C58,C62,C63,C71,C75,C76,C79,C8,C81,C82,C87,C9,D3,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809361.1

150 aa

150

Rrp44_CSD1

PF17216 Rrp44_CSD1 3-71 aa

XP_057809362.1

150 aa

150

Rrp44_CSD1

PF17216 Rrp44_CSD1 3-71 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809361.1`	Pfam	`PF17216`	Rrp44_CSD1	Domain	3	71	9.1e-11	42.4	Rrp44-like cold shock domain
`XP_057809362.1`	Pfam	`PF17216`	Rrp44_CSD1	Domain	3	71	9.1e-11	42.4	Rrp44-like cold shock domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA

XR_009101526.1
TATAAGATATAGATTGACTCAGTTAATATGAGAGTTGAGCATAATTTTTGTAATCATGGTCTATTGATTTCCTTTTTATCCAACAACTTCGCTTGCTTAGTTACTCCCTGGGATACATATGTGAAGATTGAAACTGGTGAAAGTCCAAATGATAGGAACGACAGAGCAATCCGGGTGGCGGCACAATGGTATCAGAATCACCTTGGCGCTGCAGTACGGGTATTGCTTATTACAAATGATACAGAAAACAAAAGGAAGGC...

XR_009101528.1
TATAAGATATAGATTGACTCAGTTAATATGAGAGTTGAGCATAATTTTTGTAATCATGGTCTATTGATTTCCTTTTTATCCAACAACTTCGCTTGCTTAGTTACTCCCTGGGATACATATGTGAAGATTGAAACTGGTGAAAGTCCAAATGATAGGAACGACAGAGCAATCCGGGTGGCGGCACAATGGTATCAGAATCACCTTGGCGCTGCAGTACGGGTATTGCTTATTACAAATGATACAGAAAACAAAAGGAAGGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131023788
ATGCATCGTGGAATTTACCACCAAGGGAAACTTCGGGTTAATCGTTACAATCCTTTTGAAGCATATGCTGGGAGTGAAAGTATTGGAGATGAAATTATTATTTATGGACCTACAAACATGAACAGAGCTTTTGATGGTGATATTGTGGCTGTGGAACTTTTGCCTCAAGATTGCTGGCAAGAAGAGAAATCTCTCGCAATAGCAAATGATGAGGATGATGATTTTCACTTAGCTCCAAGCAGTGCTGATGATGCTCCTAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057809361.1
MHRGIYHQGKLRVNRYNPFEAYAGSESIGDEIIIYGPTNMNRAFDGDIVAVELLPQDCWQEEKSLAIANDEDDDFHLAPSSADDAPRVSNPWQISTGNKSAVPTRPSGRVIGIIKRNWHSCDCTPIACCILGDMQAPRYIPRQTTAYWHC

XP_057809362.1
MHRGIYHQGKLRVNRYNPFEAYAGSESIGDEIIIYGPTNMNRAFDGDIVAVELLPQDCWQEEKSLAIANDEDDDFHLAPSSADDAPRVSNPWQISTGNKSAVPTRPSGRVIGIIKRNWHSCDCTPIACCILGDMQAPRYIPRQTTAYWHC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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