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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002987

染色体: Chr04 坐标: 46286743-46292503 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002987
名称SmilChr04G002987
描述uncharacterized SmilChr04G002987
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向46286743 - 46292503 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023790
GeneID131023790
locus_tag-
NCBI NameLOC131023790
原始查询SmilChr04G002987

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RB1-inducible coiled-coil protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816262]; symbol=TRM26; hit=AT2G17550; species=arabidopsis; confidence=medium
产物RB1-inducible coiled-coil protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816262]; symbol=TRM26; hit=AT2G17550; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G17550 (TRM26)
RB1-inducible coiled-coil protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816262]
identity=36; qcov=1.04; evalue=2.09e-136; confidence=medium
RiceOs03g0130700
-
identity=30.8; qcov=1.06; evalue=4.82e-99; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF14309 (DUF4378); PF14383 (VARLMGL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023790

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057809363.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057809363.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057809363.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809363.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809363.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:46287094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:46287155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B110,C1,C3,D11
Chr4:46288193 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B20,C10
Chr4:46288649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:46288977 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,C37
Chr4:46289091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B95,C22
Chr4:46289400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C84,D1
Chr4:46289508 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr4:46289627 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:46289685 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B93
Chr4:46289685 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr4:46289925 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809363.1
888 aa
N
1
444
888
VARLMGL
DUF4378
C
PF14383 VARLMGL 90-107 aa PF14309 DUF4378 721-881 aa
XP_057809364.1
888 aa
N
1
444
888
VARLMGL
DUF4378
C
PF14383 VARLMGL 90-107 aa PF14309 DUF4378 721-881 aa
XP_057809365.1
888 aa
N
1
444
888
VARLMGL
DUF4378
C
PF14383 VARLMGL 90-107 aa PF14309 DUF4378 721-881 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809363.1 Pfam PF14383 VARLMGL Domain 90 107 3.2e-06 27.3 DUF761-associated sequence motif
XP_057809363.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 721 881 2.6e-30 106.7 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057809364.1 Pfam PF14383 VARLMGL Domain 90 107 3.2e-06 27.3 DUF761-associated sequence motif
XP_057809364.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 721 881 2.6e-30 106.7 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057809365.1 Pfam PF14383 VARLMGL Domain 90 107 3.2e-06 27.3 DUF761-associated sequence motif
XP_057809365.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 721 881 2.6e-30 106.7 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953380.1
ATAGTTTTGGTGGAGGTGTGATTCCAGCAATGGATTGTCATGCTATAACCATTACAACTTTTTTTCCCTCATTATTGCCTCCTCATTCTTTCCCCAACTACATTTTCTCATCCTTCTTCAAATCCCCATTGCAATTCCTCAATCTGAACCTTGTCCAATCGTTACTTTCTGGTACTTGAAATTACAGTTTTGACTTTGTATGACCAATTTGCGATCCTGTTAAAAAATTCTGATTACACTTCCTAAAGGATGTGACTGGG...
XM_057953382.1
ATGGCTGATTTTTGTTTTGATTAGGAATTTTGTAGCCATTATTATGCTGGTTACTGACAAGGAATAATCACGACTTTATTGACTGTGCGCTACTTTAATCATTATACTGTTAAGTTGTTAAAGTTTTGGAAATAATTCAGTATCATCAATAATTGTCTTTGATGCAACAGTGCAAATGATGTGACTGGGAAGTAGCAGGGAGATGGGACTTTCAGTTTGCTGGAGAATGTGCGGATGACATTCTGTGCACGTTGCTGCTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131023790
ATGGGAAGCTTGATATACCTCCCTGACATTAACGAGGACGAGATGGCTAGGAAAGTTGTAATGCATAAGAGACATGGTGGTGGCTTGGAAGCTCCTCGAAATAGTATGGAACTGCCAATTGAGACATCCTATGGATTATATGCCGCAAGAGATAATATACTGTATGCTCATCACATGACAAAGGAATCATCTGGTGAGGACTACTATTCCACTGAGGCTCCAATAAAGAAATTAATCTGTGAAGAGATTTCTAAAAGACC...
LOC131023790
ATGGGAAGCTTGATATACCTCCCTGACATTAACGAGGACGAGATGGCTAGGAAAGTTGTAATGCATAAGAGACATGGTGGTGGCTTGGAAGCTCCTCGAAATAGTATGGAACTGCCAATTGAGACATCCTATGGATTATATGCCGCAAGAGATAATATACTGTATGCTCATCACATGACAAAGGAATCATCTGGTGAGGACTACTATTCCACTGAGGCTCCAATAAAGAAATTAATCTGTGAAGAGATTTCTAAAAGACC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057809363.1
MGSLIYLPDINEDEMARKVVMHKRHGGGLEAPRNSMELPIETSYGLYAARDNILYAHHMTKESSGEDYYSTEAPIKKLICEEISKRPSARSKSPSVVARLMGVDVLPFESKPGAQLTDIRNGSPMDKLMDKNLSKKVSVSHIISIPKSNCSQQLEVDPIGHYVDGYPYQFSSRMKSNRPKPREHPQEEELQKFKQEFEVWQAARFNKCSNFVKFNSPPPELLAQKELNREKMYRYATCYRTTKCESLREHDDLSEQNDSC...
XP_057809364.1
MGSLIYLPDINEDEMARKVVMHKRHGGGLEAPRNSMELPIETSYGLYAARDNILYAHHMTKESSGEDYYSTEAPIKKLICEEISKRPSARSKSPSVVARLMGVDVLPFESKPGAQLTDIRNGSPMDKLMDKNLSKKVSVSHIISIPKSNCSQQLEVDPIGHYVDGYPYQFSSRMKSNRPKPREHPQEEELQKFKQEFEVWQAARFNKCSNFVKFNSPPPELLAQKELNREKMYRYATCYRTTKCESLREHDDLSEQNDSC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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