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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002999

染色体: Chr04 坐标: 46391755-46400449 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002999
名称SmilChr04G002999
描述uncharacterized SmilChr04G002999
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向46391755 - 46400449 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023801
GeneID131023801
locus_tag-
NCBI NameLOC131023801
原始查询SmilChr04G002999

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Polynucleotide adenylyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839702]; symbol=AT1G28090; hit=AT1G28090; species=arabidopsis; confidence=high
产物Polynucleotide adenylyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839702]; symbol=AT1G28090; hit=AT1G28090; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G28090 (AT1G28090)
Polynucleotide adenylyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839702]
identity=53.9; qcov=0.847; evalue=1.93e-107; confidence=high
RiceOs03g0131400
-
identity=48.2; qcov=1.02; evalue=1.71e-102; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0006396 (RNA processing); GO:0016779 (nucleotidyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF01743 (PolyA_pol); PF12627 (PolyA_pol_RNAbd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023801

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057809384.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.20000 XP_057809385.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057809385.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809384.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809384.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:46392551 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr4:46392580 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr4:46392754 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:46392755 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:46395764 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C57,D10
Chr4:46396019 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:46396449 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,C55
Chr4:46398560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr4:46398714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B82,C27
Chr4:46399856 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr4:46399902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr4:46399954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809384.1
592 aa
N
1
296
592
PolyA_pol
PolyA_pol_RNAbd
C
PF01743 PolyA_pol 81-209 aa PF12627 PolyA_pol_RNAbd 237-298 aa
XP_057809385.1
346 aa
N
1
173
346
PolyA_pol
PolyA_pol_RNAbd
C
PF01743 PolyA_pol 81-209 aa PF12627 PolyA_pol_RNAbd 237-298 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809384.1 Pfam PF01743 PolyA_pol Domain 81 209 5.1e-22 79.3 Poly A polymerase head domain
XP_057809384.1 Pfam PF12627 PolyA_pol_RNAbd Domain 237 298 1.7e-12 47.6 Probable RNA and SrmB- binding site of polymerase A
XP_057809385.1 Pfam PF01743 PolyA_pol Domain 81 209 3.7e-22 79.7 Poly A polymerase head domain
XP_057809385.1 Pfam PF12627 PolyA_pol_RNAbd Domain 237 298 8.2e-13 48.6 Probable RNA and SrmB- binding site of polymerase A

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953401.1
CAATCCTCTTCCTCTCTATCTCTTCATAAATCCAAAAAAATGTCATCCTCCAATAATTCTTCAAACAATTCTTCCAACAAATTCCTTCTCTACCCGATCCATATGAGAATCCCGAATTATTTTTCATGAGTCTTGCTTCCAATTTCTTGCAAGTGGCAAGTTCTTTTCGATTTGATCCTCCTCCTCCACCTAAGAGGAAGCGTAGAGTTATTCGCCGTGATTGTGAAGGTGGTGGCGACCGATTTTATTGGAATTATTTT...
XM_057953402.1
ATGCTAGTCTTTATAATCCGTTTCTTTAAAAAAAAAAGCAAAAAAAAAGGTCCTTTATAATTCCCTCCGTCGCATAAACCGCAAAATATACGAAGAAGAAACCCGCCAGCGTCGTCAATCATGGCCACATGAGCTCCTTTACATGGCGTCGCCGTACTCTCGCGAAGCCAGGAGTTTGCTTTCCCGCTTCAAACCTTCACTCGAGAGGTTGAAGTGCAGCTTTGTCGAAGAAAGGAGTCGCGCTCATTTCTCTTCTCATA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131023801
ATGGCGTCGCCGTACTCTCGCGAAGCCAGGAGTTTGCTTTCCCGCTTCAAACCTTCACTCGAGAGGTTGAAGTGCAGCTTTGTCGAAGAAAGGAGTCGCGCTCATTTCTCTTCTCATATGGATCCAGGCGAATTTTCGAAATGGAGGAAGTTGGACTCTAGGAATTTTGGTTTAGAAAGGTCAATGATATCTCTTGCTTCTTGGATAGTTTTGAAGAATTTACGAGCGAAAGGATTTGAGGCCTACTTAGTTGGTGGATG...
LOC131023801
ATGGCGTCGCCGTACTCTCGCGAAGCCAGGAGTTTGCTTTCCCGCTTCAAACCTTCACTCGAGAGGTTGAAGTGCAGCTTTGTCGAAGAAAGGAGTCGCGCTCATTTCTCTTCTCATATGGATCCAGGCGAATTTTCGAAATGGAGGAAGTTGGACTCTAGGAATTTTGGTTTAGAAAGGTCAATGATATCTCTTGCTTCTTGGATAGTTTTGAAGAATTTACGAGCGAAAGGATTTGAGGCCTACTTAGTTGGTGGATG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057809384.1
MASPYSREARSLLSRFKPSLERLKCSFVEERSRAHFSSHMDPGEFSKWRKLDSRNFGLERSMISLASWIVLKNLRAKGFEAYLVGGCVRDLLLNKVPKDYDVITTAGLKQVKRTFQRAMIVGKRFPICIVTVKGSVVEVSSFDTIAKESGGEKVKVHQEPRGCNPRDFLRWKNCLHRDFTVNSLFFDPFVNVIYDYTDAIMDLKSLKLRTVKPAHLSFKEDQARILRGLRLAARLNLSFSKETEDALYSLSSSVAELSTS...
XP_057809385.1
MASPYSREARSLLSRFKPSLERLKCSFVEERSRAHFSSHMDPGEFSKWRKLDSRNFGLERSMISLASWIVLKNLRAKGFEAYLVGGCVRDLLLNKVPKDYDVITTAGLKQVKRTFQRAMIVGKRFPICIVTVKGSVVEVSSFDTIAKESGGEKVKVHQEPRGCNPRDFLRWKNCLHRDFTVNSLFFDPFVNVIYDYTDAIMDLKSLKLRTVKPAHLSFKEDQARILRGLRLAARLNLSFSKETEDALYSLSSSVAELSTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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