Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003013`

染色体: Chr04 坐标: 46528327-46533014 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003013`
名称	SmilChr04G003013
描述	la-related protein 1B-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	46528327 - 46533014 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023817`
GeneID	`131023817`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023817`
原始查询	`SmilChr04G003013`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	la-related protein 1B-like
产物	la-related protein 1B-like
Arabidopsis	`AT4G35890` (LARP1c) winged-helix DNA-binding transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829743] identity=31.5; qcov=0.994; evalue=3.28e-33; confidence=low
Rice	`Os03g0156500` - identity=42.3; qcov=0.465; evalue=2.87e-31; confidence=medium
GO	GO:0003723 (RNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF05383 (La)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023817

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057809403.1`
2	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	1.00000	`XP_057809403.1`
3	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	1.00000	`XP_057809403.1`
4	P-body	P-body	0.80000	`XP_057809403.1`
5	Stress granule	Stress granule	0.80000	`XP_057809404.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:46528846`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr4:46528882`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B75,C73,C74
`Chr4:46528906`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B16,B58,B74,C46,C72
`Chr4:46528923`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr4:46528963`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B67,C31,C59
`Chr4:46528978`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B11,B85,C48,D10
`Chr4:46528978`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B11,B85,C48,D10
`Chr4:46528985`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B3,B53,B65,B88,C51
`Chr4:46529352`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,B35,C44,C52
`Chr4:46531177`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr4:46531391`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C83,D6
`Chr4:46531557`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809403.1

466 aa

233

466

PF05383 La 354-409 aa

XP_057809404.1

361 aa

180

361

PF05383 La 249-304 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809403.1`	Pfam	`PF05383`	La	Domain	354	409	7.6e-21	74.5	La domain
`XP_057809404.1`	Pfam	`PF05383`	La	Domain	249	304	5.5e-21	74.9	La domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953420.1
AAACCTAGAAGAGAATTTTATTTTCTTTTCCCTTTTATATTTTCTCTCGTAGAAGACACAGAAACGTAGGTGGGGGAAGGGAGGTAGTAATACTCTATTTTCACAATTGTGATTTTGGTTTCCGATCGGAAACCAAACCCCATTTTTTGGAATTTGTTTACGATCATCATCTCGATTCAATTTTTGTTTTATTTTTTTTCAATTTTTTTCTGAGACATAGATTAGTCAGGTCGAATAATTTGTTGATTTTTAGCCCTTCG...

XM_057953421.1
CCTAAATTTTGATTTGGATGGCAGCGGCGTCGAAGTCTCCTTCTACGCTTGTTCAAGCTCATAATTCTCGCCAGTCCCGGCGGCCCTCGGCGGCGCGTGGCGTGCATTCGCCTCCTCATCAAATTGTCGATCAGGAACAGTCGAAAACAGTGAAAATGGTGGCGCGGCGAAGAAGCCGGTCTGGAACAAGCCTTCCAGTGGGGCTGCTGCGGTGGCTGCGGAGGTTGGTACGGTGATGGGGGCGGAGGCTTGGCCTGCTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131023817
ATGGCAGCGGCGTCGAAGTCTCCTTCTACGCTTGTTCAAGCTCATAATTCTCGCCAGTCCCGGCGGCCCTCGGCGGCGCGTGGCGTGCATTCGCCTCCTCATCAAATTGTCGATCAGGAACAGTCTGTAACTTCATGTCTTACTATCCCTCACAGCAAAATAGTGGATGCATTTAATTCTTTGGTTGCATATGAATCTGCTACTGGCGTGGATGATCAGGTCGAAAACAGTGAAAATGGTGGCGCGGCGAAGAAGCCGGT...

LOC131023817
ATGGGGGCGGAGGCTTGGCCTGCTCTATCGGACACTGCTCGCGGATCCCCCAAATCTCCGTTAGTTTCATCAAATGGATCAATTATTATACCAGAGGGAGTACTACCAGGCTCTTTGTCTCCTAGAAAAGGACCGGACACTAGCATCTCTACTCAAATTCACATGGCTCCTGGTGGCCAGAGGTCTACGAAGAGTGGCGGTGACAGTCCGAACCACAACAGAATGGCGGCTAATGGCAGCCTATCTCAGGCTCCGTCTAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057809403.1
MAAASKSPSTLVQAHNSRQSRRPSAARGVHSPPHQIVDQEQSVTSCLTIPHSKIVDAFNSLVAYESATGVDDQVENSENGGAAKKPVWNKPSSGAAAVAAEVGTVMGAEAWPALSDTARGSPKSPLVSSNGSIIIPEGVLPGSLSPRKGPDTSISTQIHMAPGGQRSTKSGGDSPNHNRMAANGSLSQAPSMLGAFAESQQQNAGNSVTSAREYNKEEAAHWVSGQRGRSFGGNELHAQHGPFRGNSGPQARPDGSYHHR...

XP_057809404.1
MGAEAWPALSDTARGSPKSPLVSSNGSIIIPEGVLPGSLSPRKGPDTSISTQIHMAPGGQRSTKSGGDSPNHNRMAANGSLSQAPSMLGAFAESQQQNAGNSVTSAREYNKEEAAHWVSGQRGRSFGGNELHAQHGPFRGNSGPQARPDGSYHHRHGGRRDHHRRESFGSQKRDGSRPFVRGPAPNRPFLPPPRPPVLTRPFVNPMVYHEMPQVYFVPGPHLDSPRPMPMVSYSPMLFPMPDPHLLNKILNQIDYYFSDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器