Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003042`

染色体: Chr04 坐标: 46925862-46927268 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003042`
名称	SmilChr04G003042
描述	U-box domain-containing protein 21-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	46925862 - 46927268 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023838`
GeneID	`131023838`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023838`
原始查询	`SmilChr04G003042`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	U-box domain-containing protein 21-like
产物	U-box domain-containing protein 21-like
Arabidopsis	`AT5G37490` (AT5G37490) ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833727] identity=45.8; qcov=0.969; evalue=3.08e-110; confidence=high
Rice	`Os03g0240600` (OsUPS) - identity=48.5; qcov=1.01; evalue=2.12e-121; confidence=high
GO	GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF04564 (U-box); PF25598 (ARM_PUB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023838

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809433.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057809433.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057809433.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809433.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809433.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:46925948`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B50,B6,C63
`Chr4:46925972`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B126,B44,B55
`Chr4:46926188`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B126,B44,B55
`Chr4:46926307`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,D10
`Chr4:46926468`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809433.1

426 aa

213

426

U-box

ARM_PUB

PF04564 U-box 25-95 aa PF25598 ARM_PUB 111-421 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809433.1`	Pfam	`PF04564`	U-box	Domain	25	95	1e-20	74.4	U-box domain
`XP_057809433.1`	Pfam	`PF25598`	ARM_PUB	Repeat	111	421	8.9e-60	203.4	Plant U-box protein ARM repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953450.1
CCCTTCTTCACAAAATCTCAACGACCAAAAATGCTCACTTCATGGAGAAGGCGCCGCGCTAAGACGAATCATCGCAACTCCGGCGGCGTCCCGGACCTCACCATCCCCAACCATTTCCTCTGTCCTATCTCGCTCCACCTCATGGAAGATCCCGTCACTCTCTCCACCGGCACCACCTACGATCGCCGGAGCATCGAGACGTGGATCGAAGCCGGCAACGCAACCTGCCCCGTCACCAACCAAGTCCTCAGAGACCTCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023838
ATGCTCACTTCATGGAGAAGGCGCCGCGCTAAGACGAATCATCGCAACTCCGGCGGCGTCCCGGACCTCACCATCCCCAACCATTTCCTCTGTCCTATCTCGCTCCACCTCATGGAAGATCCCGTCACTCTCTCCACCGGCACCACCTACGATCGCCGGAGCATCGAGACGTGGATCGAAGCCGGCAACGCAACCTGCCCCGTCACCAACCAAGTCCTCAGAGACCTCGAACCCATCCCCAACCACGCCATAAGGAAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809433.1
MLTSWRRRRAKTNHRNSGGVPDLTIPNHFLCPISLHLMEDPVTLSTGTTYDRRSIETWIEAGNATCPVTNQVLRDLEPIPNHAIRKIIQDWCRSHGVHRIPTPRIPITSFEVSEIFARIFDANDEDRCRELVSKIKESAKESDRNKRCFVSNGAGRVLSAAFGAFSRKGCAEETVAVLAEILSAMMMLTPVLDEETSRNLSSPPSLQKIVWFLRFGSLSGRRNAVLALKSIVSFDEETVGEVVKMGGALEALVKLIKEPI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器