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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003047

染色体: Chr04 坐标: 47004320-47009476 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003047
名称SmilChr04G003047
描述oligopeptide transporter 7-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向47004320 - 47009476 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023843
GeneID131023843
locus_tag-
NCBI NameLOC131023843
原始查询SmilChr04G003047

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述oligopeptide transporter 7-like
产物oligopeptide transporter 7-like
ArabidopsisAT4G10770 (OPT7)
oligopeptide transporter 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826672]
identity=69.8; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0125400 (OsOPT2)
-
identity=72.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0035673 (oligopeptide transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF03169 (OPT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023843

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057809437.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057809437.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057809437.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809437.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809437.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:47004631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr4:47004883 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B51,C56,C86
Chr4:47006544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr4:47006722 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:47008572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,A7,B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809437.1
740 aa
N
1
370
740
OPT
C
PF03169 OPT 47-703 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809437.1 Pfam PF03169 OPT Family 47 703 7.8e-172 573.9 OPT oligopeptide transporter protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953454.1
GGAAGCAAAAGACACAGATGAAAGATCCATCCAATCCAAGTATTAATTTTTTTTTTAATATGATAAAATTTGGTAGTATTGTTTTTGTCGAGGCAAAGTTGGTCGGGCCGAATACCCGTCCAAGTGCATCCGGAAGAAACGAAGCCCCAAATTTCAACGTGAGACAATTAGTTTAAAATCTTGGCGAATGGATTCTGATTCCGATGACATCATCACCGCCATCCTTGCCACTTTGACTAAACAAATTGGAATCCTGATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023843
ATGATTGAAGAAGAAATCAGTGCTCCACTGATTGGCACATCGGCCGCCGATGCCTCCATTTCGGGACAAGAGGAAAACTCGCCGGTGGAGCAGGTGGCGTTGACCGTGCCGCCCACCGACGACCCGGCGCTGCCCGTGGTGACCTTCCGGATGTGGGTTCTCGGGGCGGCTGCCTGCGTCCTGCTCTCCTTCCTCAACCAGTTCTTCTGGTACCGCCGCGAGCCGCTCTCCATCACGGCCATCTCCGCCCAGATCGCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809437.1
MIEEEISAPLIGTSAADASISGQEENSPVEQVALTVPPTDDPALPVVTFRMWVLGAAACVLLSFLNQFFWYRREPLSITAISAQIAVVPLGHLMAAALTRRLFFRGRSWQFTLNPGGFNVKEHVLITIFANSGAANPYSIHIVSAVKIFYGRKMTFWVSLGVVLTTQVLGFGWAGLLRRYLVDPAAMWWPQNLVQVSLFRALHEKEVRAKGGVTRNQFFLIAFICSFAYYVFPGYLFPKLTSISWLCWIFSSSILIQQLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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