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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003048

染色体: Chr04 坐标: 47009493-47011149 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003048
名称SmilChr04G003048
描述rhodanese-like domain-containing protein 17
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向47009493 - 47011149 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023844
GeneID131023844
locus_tag-
NCBI NameLOC131023844
原始查询SmilChr04G003048

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述rhodanese-like domain-containing protein 17
产物rhodanese-like domain-containing protein 17
ArabidopsisAT2G17850 (AT2G17850)
Rhodanese/Cell cycle control phosphatase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816295]
identity=46.4; qcov=0.972; evalue=3.95e-40; confidence=medium
RiceOs04g0249600 (STR6)
-
identity=58.9; qcov=0.778; evalue=7.36e-43; confidence=medium
GOGO:0003824 (catalytic activity)
KEGG-
PfamPF00581 (Rhodanese)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023844

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057809439.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057809439.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057809439.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809439.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809439.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809439.1
144 aa
N
1
72
144
Rhodanese
C
PF00581 Rhodanese 41-131 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809439.1 Pfam PF00581 Rhodanese Domain 41 131 3.3e-15 57.1 Rhodanese-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953456.1
TGATTTTGATCCAAGTGAAATTGCAGCTTGTCTAAAAATGGGTATAGTTAAGGCTGTTTTGTACAGTGGGTTTATTCTCCTTTTGGTTATTTGTAGTGATGGTGGAGCCAATGTCGTGACTGTGGATGTCCATGCAGCTACACATCTCCTCGCTCAAGCCTACATTTATCTTGATGTTAGGACTGAAGAAGAATTCAAGAATGGTCACTTGAAGAACGCCCTCAACATTCCTTACTGGTTATATACTCCGGAAGGTATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023844
ATGGGTATAGTTAAGGCTGTTTTGTACAGTGGGTTTATTCTCCTTTTGGTTATTTGTAGTGATGGTGGAGCCAATGTCGTGACTGTGGATGTCCATGCAGCTACACATCTCCTCGCTCAAGCCTACATTTATCTTGATGTTAGGACTGAAGAAGAATTCAAGAATGGTCACTTGAAGAACGCCCTCAACATTCCTTACTGGTTATATACTCCGGAAGGTATGGTGAAGAACCCCAAATTTGTGGATCAAGTTCTGTCGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809439.1
MGIVKAVLYSGFILLLVICSDGGANVVTVDVHAATHLLAQAYIYLDVRTEEEFKNGHLKNALNIPYWLYTPEGMVKNPKFVDQVLSHCDKEDRLVVGCKSGVRSVYATTDLLNAEFKHVYNMGGGYLAWVESGYAVENLHSSEL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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