Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003062`

染色体: Chr04 坐标: 47181603-47182541 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003062`
名称	SmilChr04G003062
描述	uncharacterized SmilChr04G003062
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	47181603 - 47182541 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023859`
GeneID	`131023859`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023859`
原始查询	`SmilChr04G003062`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0005829 (cytosol); GO:0008762 (UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase activity); GO:0071555 (cell wall organization); GO:0071949 (FAD binding)
KEGG	-
Pfam	PF01565 (FAD_binding_4); PF02873 (MurB_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023859

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057809466.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057809466.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057809466.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809466.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809466.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:47181606`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C68,D6
`Chr4:47181610`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	158	A1,A11,A13,A14,A16,A18,A19,A2,A20,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A7,A8,A9,B101,B103,B105,B107,B109,B11,B111,B112,B114,B115,B117,B12,B120,B121,B123,B126,B13,B130,B132,B136,B138,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B22,B23,B25,B26,B28,B29,B30,B31,B33,B35,B36,B40,B41,B44,B45,B46,B5,B52,B55,B56,B57,B58,B6,B61,B62,B63,B64,B65,B67,B68,B69,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B85,B86,B87,B88,B9,B91,B93,B94,B96,B98,B99,C14,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C25,C27,C28,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C36,C38,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C51,C52,C53,C54,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C65,C67,C68,C71,C73,C74,C75,C76,C79,C8,C84,C86,C87,C9,D1,D11,D2,D3
`Chr4:47181631`	`TAG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	42	A10,A14,B1,B104,B124,B127,B131,B134,B135,B136,B21,B24,B27,B3,B39,B42,B43,B48,B50,B57,B76,B88,B91,B95,C14,C15,C16,C2,C39,C4,C45,C51,C61,C63,C64,C68,C7,C80,D3,D5,D6,D7
`Chr4:47181702`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:47181745`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B104,B50,C63
`Chr4:47181760`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:47181922`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C83
`Chr4:47181922`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C83
`Chr4:47181955`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B17,B35,B77,C69
`Chr4:47182142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	A2
`Chr4:47182142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr4:47182164`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809466.1

207 aa

104

207

FAD_binding_4

MurB_C

PF01565 FAD_binding_4 15-81 aa PF02873 MurB_C 136-178 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809466.1`	Pfam	`PF01565`	FAD_binding_4	Domain	15	81	4.9e-08	33.5	FAD binding domain
`XP_057809466.1`	Pfam	`PF02873`	MurB_C	Domain	136	178	1.2e-11	45.2	UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953483.1
ATGCGTTATCAAAATAGCATCGCCTTCTTAGAGAGGATCGACTCTGGTTTGTCCAGAGCTGGAAGCGGCTACCCCGTCAATCGTCTGGGCGTGCACACTGCGAATGAGGGATTTACGGGGCTTGAATTCGCCGGAGGGATTCCGGGCACCGTTGGCGGCGGCGCTTACATGAATGCCGGAGCAAATGGACAGGAAACGGGTGATGCTGTGGAAAGCGTTGAGATTATGACGAGTGAGGCAGAGTACAAGATTCTAAAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023859
ATGCGTTATCAAAATAGCATCGCCTTCTTAGAGAGGATCGACTCTGGTTTGTCCAGAGCTGGAAGCGGCTACCCCGTCAATCGTCTGGGCGTGCACACTGCGAATGAGGGATTTACGGGGCTTGAATTCGCCGGAGGGATTCCGGGCACCGTTGGCGGCGGCGCTTACATGAATGCCGGAGCAAATGGACAGGAAACGGGTGATGCTGTGGAAAGCGTTGAGATTATGACGAGTGAGGCAGAGTACAAGATTCTAAAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809466.1
MRYQNSIAFLERIDSGLSRAGSGYPVNRLGVHTANEGFTGLEFAGGIPGTVGGGAYMNAGANGQETGDAVESVEIMTSEAEYKILKRGDLSFGYRWSSFQEMNDLAAITAVTFKLKVLETAKKNQQEYLERRRCRQPLGERSAGSVFRNPQGTEFSAAQLIERAGLKGCRVGGAVTPTSLSTAVVQLAAACLDSLSWPRRLCGGNLM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器