Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003063`

染色体: Chr04 坐标: 47182047-47184515 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003063`
名称	SmilChr04G003063
描述	protein ABA DEFICIENT 4, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	47182047 - 47184515 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023858`
GeneID	`131023858`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023858`
原始查询	`SmilChr04G003063`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ABA DEFICIENT 4, chloroplastic-like
产物	protein ABA DEFICIENT 4%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT1G67080` (ABA4) abscisic acid (aba)-deficient 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843028] identity=68.1; qcov=0.695; evalue=1.47e-78; confidence=high
Rice	`Os01g0128300` (MHZ4) protein MAO HUZI 4, chloroplastic-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4325995] identity=77.9; qcov=0.586; evalue=1.24e-76; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14108 (ABA4-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023858

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057809463.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057809463.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.80000	`XP_057809463.1`
4	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.80000	`XP_057809464.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809463.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:47182651`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B54,C13,D6
`Chr4:47182737`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	B117,B122,B33,B41,C47,D7
`Chr4:47182739`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	33	B101,B111,B112,B114,B124,B14,B18,B2,B3,B35,B37,B38,B58,B63,B64,B70,B72,B83,B84,B88,B96,C13,C28,C38,C39,C44,C5,C57,C7,C73,C76,C86,D9
`Chr4:47182746`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	33	A10,A14,A20,A21,B1,B127,B135,B136,B20,B24,B27,B36,B39,B4,B42,B43,B57,B60,B74,B76,B89,B95,C12,C15,C16,C37,C39,C45,C46,C51,C61,C83,D6
`Chr4:47183467`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B27,B97,C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809463.1

266 aa

133

266

ABA4-like

PF14108 ABA4-like 86-200 aa PF14108 ABA4-like 193-240 aa

XP_057809464.1

239 aa

120

239

ABA4-like

PF14108 ABA4-like 86-213 aa

XP_057809465.1

239 aa

120

239

ABA4-like

PF14108 ABA4-like 86-213 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809463.1`	Pfam	`PF14108`	ABA4-like	Family	86	200	2.4e-29	103.0	ABA DEFICIENT 4-like
`XP_057809463.1`	Pfam	`PF14108`	ABA4-like	Family	193	240	2.4e-29	103.0	ABA DEFICIENT 4-like
`XP_057809464.1`	Pfam	`PF14108`	ABA4-like	Family	86	213	8.2e-35	120.7	ABA DEFICIENT 4-like
`XP_057809465.1`	Pfam	`PF14108`	ABA4-like	Family	86	213	8.2e-35	120.7	ABA DEFICIENT 4-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953482.1
GTGCAATAAAATCAATGTGGAGTGCGCATTTGCAGTAAGCCATGAAGTCGACCCCTCCTTTATTTATTATACACATGGAAGCATTCGTGTCTCCAAACCAGACCTTCTCTTTTCCTTTTTCTTGCTCCATCATCTCTCTCTGCTGACCTCAACCTCCCTCCTCTCCTGCACAACCATTTTATTTTTTGTTTGCTTTTCTTGTCTTGAATTCGGACATGGCGTTGTCTTCTGCTTTTTTCACCTCTCAAGTCTGTGTCTCC...

XM_057953481.1
GTGCAATAAAATCAATGTGGAGTGCGCATTTGCAGTAAGCCATGAAGTCGACCCCTCCTTTATTTATTATACACATGGAAGCATTCGTGTCTCCAAACCAGACCTTCTCTTTTCCTTTTTCTTGCTCCATCATCTCTCTCTGCTGACCTCAACCTCCCTCCTCTCCTGCACAACCATTTTATTTTTTGTTTGCTTTTCTTGTCTTGAATTCGGACATGGCGTTGTCTTCTGCTTTTTTCACCTCTCAAGTCTGTGTCTCC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131023858
ATGGCGTTGTCTTCTGCTTTTTTCACCTCTCAAGTCTGTGTCTCCTTCAAGGTAGAGCGCCAAAGATTGGGCTGTAACACCTCGTGCAACAATATCAGAAGCCAAAGATTTGGTCCTCTTCTTAGAAGCAAGAAGAATGAAGTGTTTGGGCAAGCATGGAGAAGTGGGTGCAGAGGCATCAGTAAATCGAATGTTGGGACAAAATGGTCAGCGGTGTATGCTTCATTGGTGCCATGTTCTGAGATTGCAAGTGGTGCTTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057809463.1
MALSSAFFTSQVCVSFKVERQRLGCNTSCNNIRSQRFGPLLRSKKNEVFGQAWRSGCRGISKSNVGTKWSAVYASLVPCSEIASGAFTLGTAAVLPFYTLMVVAPQAEFTKKIVASSLPYVLLGALYAYLLYLSWTPDTIRVMFASKYWLPELPGMAKMFSSEMTLASAWIHLLTVDLFAARSSLSLFLTQFICCLWPLLITILFPICRQVYGDGLQNNIETRHSVSLCLLFCPVGILVHAITKALTTPTKEKIADEDAI...

XP_057809464.1
MALSSAFFTSQVCVSFKVERQRLGCNTSCNNIRSQRFGPLLRSKKNEVFGQAWRSGCRGISKSNVGTKWSAVYASLVPCSEIASGAFTLGTAAVLPFYTLMVVAPQAEFTKKIVASSLPYVLLGALYAYLLYLSWTPDTIRVMFASKYWLPELPGMAKMFSSEMTLASAWIHLLTVDLFAARQVYGDGLQNNIETRHSVSLCLLFCPVGILVHAITKALTTPTKEKIADEDAISTDFIK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器