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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003108

染色体: Chr04 坐标: 47640206-47642840 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003108
名称SmilChr04G003108
描述uncharacterized SmilChr04G003108
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向47640206 - 47642840 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023903
GeneID131023903
locus_tag-
NCBI NameLOC131023903
原始查询SmilChr04G003108

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述polyol transporter, putative (DUF1195) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829819]; symbol=AT4G36660; hit=AT4G36660; species=arabidopsis; confidence=high
产物polyol transporter, putative (DUF1195) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829819]; symbol=AT4G36660; hit=AT4G36660; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G36660 (AT4G36660)
polyol transporter, putative (DUF1195) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829819]
identity=57.4; qcov=0.989; evalue=2.75e-63; confidence=high
RiceOs07g0607500
-
identity=52.1; qcov=0.669; evalue=6.63e-28; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF06708 (DUF1195)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023903

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057809531.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057809531.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057809531.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057809531.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809531.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:47640577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B35,B88
Chr4:47640715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B44,C70,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809531.1
178 aa
N
1
89
178
DUF1195
C
PF06708 DUF1195 9-157 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809531.1 Pfam PF06708 DUF1195 Family 9 157 2.5e-62 209.7 Protein of unknown function (DUF1195)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953548.1
TATTTCAATTTAAAATGGACGAGAATTGGGCTACAGGTGCGAATGCTCAGAAGCCCATCAAACGGCCTGCCAATCTCATAGTATTAATATTAATTAATAAAATAAATAGGCACTGAAAAGAAAAGAAAAAAGGAAAATCTAATAGTTGCAGTGCAGAGGCAGAGCCCCGCCGGCAGGGCCGTTTTCCATTTTGAAAATAGACCCACACCACACCCACCATATTTCTCAATGATTGAGATCGATGCTGCTTCCATTTGATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023903
ATGAGAGACGATGACGTTCTACCCGTATCCACGCCCACTTCTTCTTCCTCAATATATTTCGTATCGTCGTCGAGGAAGGACGCTTCCTCGGATTCCTCCTCCATCTTCGGCCGCGGCCGCTACAAGTTTTGGGCTTTCTCTGTCATTCTCATGCTCGCATTCTGGTCCATGCTCACCGGCACCGTCTCTCTCCGCTGGTCCGCCGGAGATCTCGATGACAGCTTCACACAAGACTACCACTCCCCCTCTGCCGATGATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809531.1
MRDDDVLPVSTPTSSSSIYFVSSSRKDASSDSSSIFGRGRYKFWAFSVILMLAFWSMLTGTVSLRWSAGDLDDSFTQDYHSPSADDLDALDMEEREKMVRHMWDVYTNSQRMKLAGFWQEAFVAAYEDLTSEVPEVREDAILEIARMSARYLDLIPPPQYSSLSLGLRNLNMKDKKQT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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