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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003138

染色体: Chr04 坐标: 47964373-47973384 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003138
名称SmilChr04G003138
描述NADPH-dependent diflavin oxidoreductase 1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向47964373 - 47973384 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023934
GeneID131023934
locus_tag-
NCBI NameLOC131023934
原始查询SmilChr04G003138

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NADPH-dependent diflavin oxidoreductase 1-like
产物NADPH-dependent diflavin oxidoreductase 1-like
ArabidopsisAT3G02280 (AT3G02280)
Flavodoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820417]
identity=64; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0733600
-
identity=62.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003958 (NADPH-hemoprotein reductase activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0010181 (FMN binding); GO:0050660 (flavin adenine dinucleotide binding)
KEGG-
PfamPF00175 (NAD_binding_1); PF00258 (Flavodoxin_1); PF00667 (FAD_binding_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023934

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057809575.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057809575.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809575.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809575.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809575.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:47965476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr4:47965955 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:47965958 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C54,D6
Chr4:47967337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr4:47967367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:47968085 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B103
Chr4:47968085 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B103
Chr4:47969421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr4:47972775 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:47972983 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr4:47973101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B124,C39,C61,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809575.1
625 aa
N
1
312
625
Flavodoxin_1
FAD_binding_1
NAD_binding_1
C
PF00258 Flavodoxin_1 14-152 aa PF00667 FAD_binding_1 230-441 aa PF00175 NAD_binding_1 473-584 aa
XP_057809576.1
625 aa
N
1
312
625
Flavodoxin_1
FAD_binding_1
NAD_binding_1
C
PF00258 Flavodoxin_1 14-152 aa PF00667 FAD_binding_1 230-441 aa PF00175 NAD_binding_1 473-584 aa
XP_057809577.1
625 aa
N
1
312
625
Flavodoxin_1
FAD_binding_1
NAD_binding_1
C
PF00258 Flavodoxin_1 14-152 aa PF00667 FAD_binding_1 230-441 aa PF00175 NAD_binding_1 473-584 aa
XP_057809578.1
625 aa
N
1
312
625
Flavodoxin_1
FAD_binding_1
NAD_binding_1
C
PF00258 Flavodoxin_1 14-152 aa PF00667 FAD_binding_1 230-441 aa PF00175 NAD_binding_1 473-584 aa
XP_057809579.1
625 aa
N
1
312
625
Flavodoxin_1
FAD_binding_1
NAD_binding_1
C
PF00258 Flavodoxin_1 14-152 aa PF00667 FAD_binding_1 230-441 aa PF00175 NAD_binding_1 473-584 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809575.1 Pfam PF00258 Flavodoxin_1 Domain 14 152 1.4e-35 123.2 Flavodoxin
XP_057809575.1 Pfam PF00667 FAD_binding_1 Domain 230 441 2.2e-44 152.4 FAD binding domain
XP_057809575.1 Pfam PF00175 NAD_binding_1 Domain 473 584 4.6e-12 47.3 Oxidoreductase NAD-binding domain
XP_057809576.1 Pfam PF00258 Flavodoxin_1 Domain 14 152 1.4e-35 123.2 Flavodoxin
XP_057809576.1 Pfam PF00667 FAD_binding_1 Domain 230 441 2.2e-44 152.4 FAD binding domain
XP_057809576.1 Pfam PF00175 NAD_binding_1 Domain 473 584 4.6e-12 47.3 Oxidoreductase NAD-binding domain
XP_057809577.1 Pfam PF00258 Flavodoxin_1 Domain 14 152 1.4e-35 123.2 Flavodoxin
XP_057809577.1 Pfam PF00667 FAD_binding_1 Domain 230 441 2.2e-44 152.4 FAD binding domain
XP_057809577.1 Pfam PF00175 NAD_binding_1 Domain 473 584 4.6e-12 47.3 Oxidoreductase NAD-binding domain
XP_057809578.1 Pfam PF00258 Flavodoxin_1 Domain 14 152 1.4e-35 123.2 Flavodoxin
XP_057809578.1 Pfam PF00667 FAD_binding_1 Domain 230 441 2.2e-44 152.4 FAD binding domain
XP_057809578.1 Pfam PF00175 NAD_binding_1 Domain 473 584 4.6e-12 47.3 Oxidoreductase NAD-binding domain
XP_057809579.1 Pfam PF00258 Flavodoxin_1 Domain 14 152 1.4e-35 123.2 Flavodoxin
XP_057809579.1 Pfam PF00667 FAD_binding_1 Domain 230 441 2.2e-44 152.4 FAD binding domain
XP_057809579.1 Pfam PF00175 NAD_binding_1 Domain 473 584 4.6e-12 47.3 Oxidoreductase NAD-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953596.1
AACTGTTTCCCCATTCTCGATCCCTCCTCCTCCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCACTCTCGCATTAATCCAATTATCCTCCATCTCCTTTGGTGGCAGCAACCTGCAACCATCGCAGGTAGCCACGCCGCCGCCGTACACACCTCCCTCTGTCTAACTCTCTTACTCTTATTTTATTTATAGTAGCACGGCGCCGCCGCGGGCTCTGTTTCCCCCATTGATTTCGCCACCTCAATCTGGACCAGTAC...
XM_057953592.1
ACTGTTTCCCCATTCTCGATCCCTCCTCCTCCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCACTCTCGCATTAATCCAATTATCCTCCATCTCCTTTGGTGGCAGCAACCTGCAACCATCGCAGGTAGCCACGCCGCCGCCGTACACACCTCCCTCTGTCTAACTCTCTTACTCTTATTTTATTTATAGTAGCACGGCGCCGCCGCGGGCTCTGTTTCCCCCATTGATTTCGCCACCTCAATCTGGACCAGTACA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131023934
ATGGGCTTGATGGAGGAGAAGCGTGAAAATCAGCTGCTGATATTGTATGCTTCACAGACAGGAAATGCAATGGATGCTGCTGAGTGGCTCGGCCGCGAAGCCGAGCGCCGTGGTTGCCCTTCCATTTCTGTCCTCTCCATGGAGGAATTTCATCCTAGCGAATTGCCGAACAAGGAAGACGTGATTTTTGTTGTGTCAACCACGGGTCAGGGGGACAATCCAGATTCGATGAAGGGGTTTTGGAGGTTCTTATTGCAAAA...
LOC131023934
ATGGGCTTGATGGAGGAGAAGCGTGAAAATCAGCTGCTGATATTGTATGCTTCACAGACAGGAAATGCAATGGATGCTGCTGAGTGGCTCGGCCGCGAAGCCGAGCGCCGTGGTTGCCCTTCCATTTCTGTCCTCTCCATGGAGGAATTTCATCCTAGCGAATTGCCGAACAAGGAAGACGTGATTTTTGTTGTGTCAACCACGGGTCAGGGGGACAATCCAGATTCGATGAAGGGGTTTTGGAGGTTCTTATTGCAAAA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057809575.1
MGLMEEKRENQLLILYASQTGNAMDAAEWLGREAERRGCPSISVLSMEEFHPSELPNKEDVIFVVSTTGQGDNPDSMKGFWRFLLQKNLTDDWLKGVNYAVFGLGDSSYQKYNFVAKKLDKRLSTLGATPIIERGLGDDQHPSGYEGALDPWMSSLWNILYQRNPRLLPNATTPDATLIDQPKVQVIYHDTEEGVSPVTTSTDFNYLEMQLEKTHSMNPAKFSGKKRPDCFLKLTKNDRLSRVESGKDVRHFEFEAVSCS...
XP_057809576.1
MGLMEEKRENQLLILYASQTGNAMDAAEWLGREAERRGCPSISVLSMEEFHPSELPNKEDVIFVVSTTGQGDNPDSMKGFWRFLLQKNLTDDWLKGVNYAVFGLGDSSYQKYNFVAKKLDKRLSTLGATPIIERGLGDDQHPSGYEGALDPWMSSLWNILYQRNPRLLPNATTPDATLIDQPKVQVIYHDTEEGVSPVTTSTDFNYLEMQLEKTHSMNPAKFSGKKRPDCFLKLTKNDRLSRVESGKDVRHFEFEAVSCS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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