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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003141

染色体: Chr04 坐标: 47987043-47988215 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003141
名称SmilChr04G003141
描述uncharacterized SmilChr04G003141
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向47987043 - 47988215 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023535
GeneID131023535
locus_tag-
NCBI NameLOC131023535
原始查询SmilChr04G003141

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=35.8; qcov=0.576; evalue=1.62e-36; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023535

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809063.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057809063.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057809063.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809063.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809063.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:47987079 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B104
Chr4:47987079 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:47987168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,C58,C78,C85
Chr4:47987217 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr4:47987228 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr4:47987302 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:47987334 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B108,B25,B85,C15,C51
Chr4:47987334 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B25,B85,C15,C51
Chr4:47987359 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr4:47987362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,C11,C69
Chr4:47987368 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr4:47987374 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953080.1
ATGACTAGAAGAAAGGATTTAACAAGTGAAGAAAGACAAGTTGTTGCACTCTTCCTTTTTCGCAACAGTGCAGATGGCAAGTTGAACTATGGCACTCAAAAGGCTGCCATGACGAAGTGGGGCTGCTGTAGGAGTTCAATCGCCCGTTTATGGAAGGCTGCAAAGAAAGAACAAGCACAAGGTCAGTTAATATGTGTTCAAAGCAAAAAAATCAACGAGGTTAGAAGGAAAAGAGTTCATATCGATCTAGAATTAATTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023535
ATGACTAGAAGAAAGGATTTAACAAGTGAAGAAAGACAAGTTGTTGCACTCTTCCTTTTTCGCAACAGTGCAGATGGCAAGTTGAACTATGGCACTCAAAAGGCTGCCATGACGAAGTGGGGCTGCTGTAGGAGTTCAATCGCCCGTTTATGGAAGGCTGCAAAGAAAGAACAAGCACAAGGTCAGTTAATATGTGTTCAAAGCAAAAAAATCAACGAGGTTAGAAGGAAAAGAGTTCATATCGATCTAGAATTAATTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809063.1
MTRRKDLTSEERQVVALFLFRNSADGKLNYGTQKAAMTKWGCCRSSIARLWKAAKKEQAQGQLICVQSKKINEVRRKRVHIDLELISSLELHKRGTIRRLATGINCSKSTMGRWISRGLIRAHSSAIRPDLTGPNKLLRLKFSLEHIEYDRICMALKFKSMHNVVHIDEKWFYITKTNHRFYLTPQETEPHRTCKSKKFITKEFFLSLRVPAERSSKNRQAGTLEEKPIQSITKEVIKECIINKVWMSNDKYYSSNKGLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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