当前解析结果
SmilChr04G003151| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003151 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003151 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G003151 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 48124911 - 48125863 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023946 |
|---|---|
| GeneID | 131023946 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023946 |
| 原始查询 | SmilChr04G003151 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0005829 (cytosol); GO:0008762 (UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase activity); GO:0050660 (flavin adenine dinucleotide binding); GO:0071555 (cell wall organization) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02873 (MurB_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023946 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057809593.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057809593.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057809593.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057809593.1 |
| 5 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057809593.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:48124954 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C37 |
Chr4:48125060 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | B122,B33,B41,D7 |
Chr4:48125060 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B122,B33,B41,D7 |
Chr4:48125082 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 24 | A10,A20,B127,B131,B134,B136,B14,B21,B3,B34,B39,B42,B43,B48,B5,B95,C15,C16,C39,C66,D3,D5,D6,D7 |
Chr4:48125084 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | C2,C68 |
Chr4:48125084 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C2,C68 |
Chr4:48125107 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C11,C69 |
Chr4:48125129 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | A2 |
Chr4:48125129 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A2 |
Chr4:48125137 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B108,B118,B44,C56,C58 |
Chr4:48125306 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,C23,C69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809593.1PF02873
MurB_C 75-115 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809593.1 |
Pfam | PF02873 |
MurB_C | Domain | 75 | 115 | 9.1e-12 | 45.6 | UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。