Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003151

染色体: Chr04 坐标: 48124911-48125863 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003151
名称SmilChr04G003151
描述uncharacterized SmilChr04G003151
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向48124911 - 48125863 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023946
GeneID131023946
locus_tag-
NCBI NameLOC131023946
原始查询SmilChr04G003151

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0008762 (UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase activity); GO:0050660 (flavin adenine dinucleotide binding); GO:0071555 (cell wall organization)
KEGG-
PfamPF02873 (MurB_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023946

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057809593.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057809593.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057809593.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057809593.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057809593.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:48124954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr4:48125060 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B122,B33,B41,D7
Chr4:48125060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B33,B41,D7
Chr4:48125082 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 24 A10,A20,B127,B131,B134,B136,B14,B21,B3,B34,B39,B42,B43,B48,B5,B95,C15,C16,C39,C66,D3,D5,D6,D7
Chr4:48125084 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 C2,C68
Chr4:48125084 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,C68
Chr4:48125107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr4:48125129 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 A2
Chr4:48125129 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr4:48125137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B118,B44,C56,C58
Chr4:48125306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,C23,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809593.1
146 aa
N
1
73
146
MurB_C
C
PF02873 MurB_C 75-115 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809593.1 Pfam PF02873 MurB_C Domain 75 115 9.1e-12 45.6 UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953610.1
CTCATATTGGTTGCAGAGCGCATTTTATCCAGGGAGAAAAGCTCCTCAGCGACCTGAACACGTGGGGAATTGGGGGGCCCTGCAAATACTTTGCTCAAGTCTCGGATCAAAACCAGCTTGCTACAGCCATTAGGCAGTGCAATGAGCAGTCGATGAGATACATTGTGATTGGTAAAGGTTCCAACTGTCTATTTGATGACTTGGGATTTGATGGATGCGTTATTCAAAATAGCATCGCCTTCTTAGAGAGGATCGACTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023946
ATGTTGAAGGAAACGGGTGATGCTGTGGAAAGCGTTGAGATTATGACGAGTGAGGGAGAGTACAAGATTCTAAAGAGAGGCGACCTCAGTTTCGGATATCGATGGTCTTCGTTTCAAGAGATGAGCGACTTGGCAGTCATCACTGCTGTCACCTTCAAGCTCAAGGTCTTAGAAATAGCCAAGAAAAACCAGCAAGAATACTTGGAAAGGAGGAGATGCAGGCAACCATTGGGGGAGAGAAGTGCTGGCTCAGTGTTCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809593.1
MLKETGDAVESVEIMTSEGEYKILKRGDLSFGYRWSSFQEMSDLAVITAVTFKLKVLEIAKKNQQEYLERRRCRQPLGERSAGSVFRNPQGTELSAAQLIERAGLKGCRVGGAVTPTSLSTAVVQLAATCLDSLSWPRRLCGGSLM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器