Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003183

染色体: Chr04 坐标: 48524713-48530378 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003183
名称SmilChr04G003183
描述uncharacterized SmilChr04G003183
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向48524713 - 48530378 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023728
GeneID131023728
locus_tag-
NCBI NameLOC131023728
原始查询SmilChr04G003183

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023728

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809274.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809274.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809274.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809274.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057809274.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:48524976 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr4:48524978 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B31
Chr4:48524978 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 B31
Chr4:48525052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B19,B34,C2,C28
Chr4:48525062 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,C49,C64
Chr4:48525091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr4:48525118 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B89,C28
Chr4:48525125 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B20,B28,B57,B88,C10
Chr4:48525191 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr4:48525202 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr4:48525234 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,D8
Chr4:48525377 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953291.1
CCCTGCCCCCCCCTTGCCCTGCCGCTGCCCTGCCCTGCTGCCGCCGCCTGTCGCCGTCGCCGGTCGCCGCCGTCGCCTCCGTCAAGGCCAATCCTGCCGTCTCACCGCTCCTGCCACCGCACGGTTCCGCCGTCAACTCCTACGGTACCATGTCTCATCGTAGAGGATTGTTGGGGTTTGGTAGTCGGTCTTCTGGGCCTGAGGCACAGTCCTCCTCAGGCTCTGGGCCGTATATTTCTGCTACTCCAGAGTCTGGTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023728
ATGTCTCATCGTAGAGGATTGTTGGGGTTTGGTAGTCGGTCTTCTGGGCCTGAGGCACAGTCCTCCTCAGGCTCTGGGCCGTATATTTCTGCTACTCCAGAGTCTGGTTCCCCTCCACAGAGCGCTGCTGCATCTGGGTCTAGAAGGCCCAAAGGCAAATCAGTGGCGCAGATTAGGGCTGAGTGTGTTAGGCGCGACGGGAGGATCCTCTTTCAGAGGAATACTGTTGGTAAGTTGATCGAGCCCCCGGGGATCTCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809274.1
MSHRRGLLGFGSRSSGPEAQSSSGSGPYISATPESGSPPQSAAASGSRRPKGKSVAQIRAECVRRDGRILFQRNTVGKLIEPPGISTCCTNSFKRIPNPGGYTWKLTPPTVQDLYFEEFKKEFTWNPEDEADVKKMWLDKARKRYSDNMSEYKRLLKQKTEAGEMMETPLGMSDTFWTGLKAYWDQDEVKAVSRRARENRYSEPDGVGTGINRHVGGSQSSRIL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器