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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003217

染色体: Chr04 坐标: 48993368-49001443 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003217
名称SmilChr04G003217
描述uncharacterized SmilChr04G003217
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向48993368 - 49001443 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020113
GeneID131020113
locus_tag-
NCBI NameLOC131020113
原始查询SmilChr04G003217

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Polynucleotide adenylyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839702]; symbol=AT1G28090; hit=AT1G28090; species=arabidopsis; confidence=high
产物Polynucleotide adenylyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839702]; symbol=AT1G28090; hit=AT1G28090; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G28090 (AT1G28090)
Polynucleotide adenylyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839702]
identity=53.6; qcov=0.847; evalue=1.85e-107; confidence=high
RiceOs03g0131400
-
identity=52.2; qcov=0.858; evalue=1.47e-101; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0006396 (RNA processing); GO:0016779 (nucleotidyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF01743 (PolyA_pol); PF12627 (PolyA_pol_RNAbd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020113

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057804771.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.20000 XP_057804772.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804771.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804771.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804771.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:48993872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,C32,C56,C68,D11
Chr4:48993961 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B81,C21,C6
Chr4:48993968 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B80,C57,D10
Chr4:48994008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,C32,C56,D11
Chr4:48994093 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A23
Chr4:48994093 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 A23
Chr4:48995222 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B51,C51,C81
Chr4:48997334 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:48997587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr4:48997591 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr4:48997766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:48997780 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804771.1
592 aa
N
1
296
592
PolyA_pol
PolyA_pol_RNAbd
C
PF01743 PolyA_pol 81-209 aa PF12627 PolyA_pol_RNAbd 237-298 aa
XP_057804772.1
346 aa
N
1
173
346
PolyA_pol
PolyA_pol_RNAbd
C
PF01743 PolyA_pol 81-209 aa PF12627 PolyA_pol_RNAbd 237-298 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804771.1 Pfam PF01743 PolyA_pol Domain 81 209 4.8e-22 79.4 Poly A polymerase head domain
XP_057804771.1 Pfam PF12627 PolyA_pol_RNAbd Domain 237 298 2.7e-12 47.0 Probable RNA and SrmB- binding site of polymerase A
XP_057804772.1 Pfam PF01743 PolyA_pol Domain 81 209 3.6e-22 79.8 Poly A polymerase head domain
XP_057804772.1 Pfam PF12627 PolyA_pol_RNAbd Domain 237 298 1.3e-12 48.0 Probable RNA and SrmB- binding site of polymerase A

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948788.1
AGTCTCCACGGTGGATGCTAGTCTTTATAATCCGTTTCTTTAAAAAAAAAAAAGCAAAAAAAGAGGTCCTTTATAATTCCCTCCGTCGCATAAACCGCAAAATATACGAAGAAGAAACCCGCCAGCGTCGTCAAAATCATGGCCACATGAGCTCCTTTACATGGCGTCGCCGTACTCTCGCGAAGCCAGGAGTTTGCTTTCCCGCTTCAAACCTTCTCTCGAGAGGTTGAAGTGCAGCTTTGTCGAAGAAAGGAGTCGCG...
XM_057948789.1
AGACGACATTGCTCTCCAGTCTCCACGGTGGATGCTAGTCTTTATAATCCGTTTCTTTAAAAAAAAAAAAGCAAAAAAAGAGGTCCTTTATAATTCCCTCCGTCGCATAAACCGCAAAATATACGAAGAAGAAACCCGCCAGCGTCGTCAAAATCATGGCCACATGAGCTCCTTTACATGGCGTCGCCGTACTCTCGCGAAGCCAGGAGTTTGCTTTCCCGCTTCAAACCTTCTCTCGAGAGGTTGAAGTGCAGCTTTGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131020113
ATGGCGTCGCCGTACTCTCGCGAAGCCAGGAGTTTGCTTTCCCGCTTCAAACCTTCTCTCGAGAGGTTGAAGTGCAGCTTTGTCGAAGAAAGGAGTCGCGCTCATTTCTCTTCTCATATGGATCAAGGCGAATTTTCGAAATGGAGGAAGTTGGACTCTAGGAATTTTGGTTTAGAAAGGTCAATGATATCTCTTGCTTCTTGGATAGTTTTGAAGAATTTACGAGCGAAAGGATTTGAGGCCTACTTAGTTGGTGGATG...
LOC131020113
ATGGCGTCGCCGTACTCTCGCGAAGCCAGGAGTTTGCTTTCCCGCTTCAAACCTTCTCTCGAGAGGTTGAAGTGCAGCTTTGTCGAAGAAAGGAGTCGCGCTCATTTCTCTTCTCATATGGATCAAGGCGAATTTTCGAAATGGAGGAAGTTGGACTCTAGGAATTTTGGTTTAGAAAGGTCAATGATATCTCTTGCTTCTTGGATAGTTTTGAAGAATTTACGAGCGAAAGGATTTGAGGCCTACTTAGTTGGTGGATG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057804771.1
MASPYSREARSLLSRFKPSLERLKCSFVEERSRAHFSSHMDQGEFSKWRKLDSRNFGLERSMISLASWIVLKNLRAKGFEAYLVGGCVRDLLLNKVPKDYDVITTAGLKQVKRTFQRAMIVGKRFPICIVTVKGSVVEVSSFDTIAKESGGEKVKVHQEPRGCNPRDFLRWKNCLHRDFTVNSLFFDPFVNVIYDYTDAIMDLKSLKLRTVKPAHLSFKEDQARILRGLRLAARLNLSFSKETEDALYSLSSSVAELSTS...
XP_057804772.1
MASPYSREARSLLSRFKPSLERLKCSFVEERSRAHFSSHMDQGEFSKWRKLDSRNFGLERSMISLASWIVLKNLRAKGFEAYLVGGCVRDLLLNKVPKDYDVITTAGLKQVKRTFQRAMIVGKRFPICIVTVKGSVVEVSSFDTIAKESGGEKVKVHQEPRGCNPRDFLRWKNCLHRDFTVNSLFFDPFVNVIYDYTDAIMDLKSLKLRTVKPAHLSFKEDQARILRGLRLAARLNLSFSKETEDALYSLSSSVAELSTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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