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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003221

染色体: Chr04 坐标: 49024132-49026237 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003221
名称SmilChr04G003221
描述dehydrodolichyl diphosphate synthase 6-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向49024132 - 49026237 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020118
GeneID131020118
locus_tag-
NCBI NameLOC131020118
原始查询SmilChr04G003221

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dehydrodolichyl diphosphate synthase 6-like
产物dehydrodolichyl diphosphate synthase 6-like
ArabidopsisAT2G17570 (cPT1)
Undecaprenyl pyrophosphate synthetase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816264]
identity=58.4; qcov=1.01; evalue=5.01e-122; confidence=high
RiceOs06g0167400
-
identity=45.9; qcov=0.989; evalue=5.82e-92; confidence=high
GOGO:0002094 (GO:0002094); GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0016094 (polyprenol biosynthetic process)
KEGGsmil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01255 (Prenyltransf)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020118

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057804777.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057804777.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804777.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804777.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804777.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:49024547 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr4:49024694 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B54,B69,C21,C6
Chr4:49024925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804777.1
282 aa
N
1
141
282
Prenyltransf
C
PF01255 Prenyltransf 41-270 aa
XP_057804778.1
282 aa
N
1
141
282
Prenyltransf
C
PF01255 Prenyltransf 41-270 aa
XP_057804779.1
282 aa
N
1
141
282
Prenyltransf
C
PF01255 Prenyltransf 41-270 aa
XP_057804780.1
282 aa
N
1
141
282
Prenyltransf
C
PF01255 Prenyltransf 41-270 aa
XP_057804781.1
282 aa
N
1
141
282
Prenyltransf
C
PF01255 Prenyltransf 41-270 aa
XP_057804782.1
282 aa
N
1
141
282
Prenyltransf
C
PF01255 Prenyltransf 41-270 aa
XP_057804784.1
282 aa
N
1
141
282
Prenyltransf
C
PF01255 Prenyltransf 41-270 aa
XP_057804785.1
282 aa
N
1
141
282
Prenyltransf
C
PF01255 Prenyltransf 41-270 aa
XP_057804786.1
282 aa
N
1
141
282
Prenyltransf
C
PF01255 Prenyltransf 41-270 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804777.1 Pfam PF01255 Prenyltransf Family 41 270 1.9e-64 217.9 Putative undecaprenyl diphosphate synthase
XP_057804778.1 Pfam PF01255 Prenyltransf Family 41 270 1.9e-64 217.9 Putative undecaprenyl diphosphate synthase
XP_057804779.1 Pfam PF01255 Prenyltransf Family 41 270 1.9e-64 217.9 Putative undecaprenyl diphosphate synthase
XP_057804780.1 Pfam PF01255 Prenyltransf Family 41 270 1.9e-64 217.9 Putative undecaprenyl diphosphate synthase
XP_057804781.1 Pfam PF01255 Prenyltransf Family 41 270 1.9e-64 217.9 Putative undecaprenyl diphosphate synthase
XP_057804782.1 Pfam PF01255 Prenyltransf Family 41 270 1.9e-64 217.9 Putative undecaprenyl diphosphate synthase
XP_057804784.1 Pfam PF01255 Prenyltransf Family 41 270 1.9e-64 217.9 Putative undecaprenyl diphosphate synthase
XP_057804785.1 Pfam PF01255 Prenyltransf Family 41 270 1.9e-64 217.9 Putative undecaprenyl diphosphate synthase
XP_057804786.1 Pfam PF01255 Prenyltransf Family 41 270 1.9e-64 217.9 Putative undecaprenyl diphosphate synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948794.1
ATAAAAAAATAGAGTTTAAATTTCTCACCTGTTTTCCCCTATAAAGATGAGCCTAATTTCTCACCGAGAATCAGCAATTGGTCTTCCTAAATTCTTTTCCTCTTTTTAAACAACCATTGTTGAGCAGTGTTGCAAAATTCTTGAACAAGGTTTGGTCGTCTTCCTTTATTCAAAACCTCAACACACCAAGTAGCCAATCATAGTAACACAAAATCTATTCCCTCTCGTAACATGTTTTACATAGAAAATATGTTATATAA...
XM_057948797.1
GAGTTTAAATTTCTCACCTGTTTTCCCCTATAAAGATGAGCCTAATTTCTCACCGAGAATCAGCAATTGGTCTTCCTAAATTCTTTTCCTCTTTTTAAACAACCATTGTTGAGCAGTGTTGCAAAATTCTTGAACAAGGTTGTGCTTCCTTTCACTTCAAAAGAAGCAGAAATGGAGAGCAGCAGGAGCAACAACATTGTTGTGAAGGTGTTTGGGAGTTCAGTGAGCTACATGAGGAGATGGCTGTTCCGGGCGCTGTC...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC131020118
ATGGAGAGCAGCAGGAGCAACAACATTGTTGTGAAGGTGTTTGGGAGTTCAGTGAGCTACATGAGGAGATGGCTGTTCCGGGCGCTGTCAGTGGGGGCGATCCCAAGGCACGTGGCGTTCATCCTGGACGGAAACAGGAGGTACGCCAGGAAATGGAACTTGGGGGAGGGGATGGGCCACAGGGCCGGCTTCCTCTCCCTCATGACCCTCATGAAGTACTGCTACGAGCTGGGAGTCAAGTATGTCACCATCTACGCCTT...
LOC131020118
ATGGAGAGCAGCAGGAGCAACAACATTGTTGTGAAGGTGTTTGGGAGTTCAGTGAGCTACATGAGGAGATGGCTGTTCCGGGCGCTGTCAGTGGGGGCGATCCCAAGGCACGTGGCGTTCATCCTGGACGGAAACAGGAGGTACGCCAGGAAATGGAACTTGGGGGAGGGGATGGGCCACAGGGCCGGCTTCCTCTCCCTCATGACCCTCATGAAGTACTGCTACGAGCTGGGAGTCAAGTATGTCACCATCTACGCCTT...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057804777.1
MESSRSNNIVVKVFGSSVSYMRRWLFRALSVGAIPRHVAFILDGNRRYARKWNLGEGMGHRAGFLSLMTLMKYCYELGVKYVTIYAFSIDNFKRKPEEVQYVMDLMLEKIEGLLKEESIVNQYGVRVEFVGNLKLLSDPVRLAAEKAMELTAKNSRAILLIAVAYTSTDEIAHAAQQSCLDKIQMRSGFCFGFAKADDDAITIRLGDVESHMYMGVAPDPDILVRTSGETRLSNFLLWQTSNSLLYSPRALWPEMGLRHL...
XP_057804778.1
MESSRSNNIVVKVFGSSVSYMRRWLFRALSVGAIPRHVAFILDGNRRYARKWNLGEGMGHRAGFLSLMTLMKYCYELGVKYVTIYAFSIDNFKRKPEEVQYVMDLMLEKIEGLLKEESIVNQYGVRVEFVGNLKLLSDPVRLAAEKAMELTAKNSRAILLIAVAYTSTDEIAHAAQQSCLDKIQMRSGFCFGFAKADDDAITIRLGDVESHMYMGVAPDPDILVRTSGETRLSNFLLWQTSNSLLYSPRALWPEMGLRHL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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