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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003233

染色体: Chr04 坐标: 49151594-49152907 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003233
名称SmilChr04G003233
描述loganic acid O-methyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向49151594 - 49152907 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020133
GeneID131020133
locus_tag-
NCBI NameLOC131020133
原始查询SmilChr04G003233

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述loganic acid O-methyltransferase-like
产物loganic acid O-methyltransferase-like
ArabidopsisAT5G37970 (AT5G37970)
S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833776]
identity=41; qcov=1.06; evalue=4.51e-90; confidence=medium
RiceOs04g0665200 (IAMT1)
-
identity=37.4; qcov=0.868; evalue=5.55e-54; confidence=medium
GOGO:0008757 (S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity); GO:0032259 (methylation)
KEGG-
PfamPF03492 (Methyltransf_7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020133

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057804795.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057804795.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804795.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804795.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804795.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:49151823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr4:49152144 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C50
Chr4:49152387 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr4:49152414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr4:49152513 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B90
Chr4:49152518 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B90
Chr4:49152533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B90

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804795.1
342 aa
N
1
171
342
Methyltransf_7
C
PF03492 Methyltransf_7 6-342 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804795.1 Pfam PF03492 Methyltransf_7 Domain 6 342 2.5e-101 340.0 SAM dependent carboxyl methyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948812.1
CATCTTACATTTTAGAAATTGTCATCAAATAGAACATGGCCGACGGTGAAGCTTTTCCGATGAATGGTGGTGATGGTACTCACAGTTACTCTAAAAACTCCCAATATCAGAAACTAGCGTCTGATGCAGTAAAGGAAACGATCCAAGAAGCAGTGATTGAGAATCTAGACACGGAATCAATGTCGAGCACAGTAACGATAGCAGATTTGGGGTGTTCGGTTGGCCCAAACACATTCTTGGCAGTTGAAAATCTGATGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020133
ATGGCCGACGGTGAAGCTTTTCCGATGAATGGTGGTGATGGTACTCACAGTTACTCTAAAAACTCCCAATATCAGAAACTAGCGTCTGATGCAGTAAAGGAAACGATCCAAGAAGCAGTGATTGAGAATCTAGACACGGAATCAATGTCGAGCACAGTAACGATAGCAGATTTGGGGTGTTCGGTTGGCCCAAACACATTCTTGGCAGTTGAAAATCTGATGGAAGCAGTTGAAGCCAAGCGGGGTTCCAAAAACGACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804795.1
MADGEAFPMNGGDGTHSYSKNSQYQKLASDAVKETIQEAVIENLDTESMSSTVTIADLGCSVGPNTFLAVENLMEAVEAKRGSKNDLEFQVFFNDHSANDFNTLFASLPADRQYHAAGVPGSFHGRLFPRNSITLAHSSYSLQWLSKPPQGVANEGRIHNSGASEDVVRAYSDQYEKDLGVFMSARAEEIVRGGLLILVVPATPDGVSHSHLPIGVLLTYLGYALMELANEGVVDKCKIDGFNLPIYYPTQGELRRLIEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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