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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003234

染色体: Chr04 坐标: 49159480-49162708 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003234
名称SmilChr04G003234
描述E3 SUMO-protein ligase MMS21-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向49159480 - 49162708 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020134
GeneID131020134
locus_tag-
NCBI NameLOC131020134
原始查询SmilChr04G003234

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述E3 SUMO-protein ligase MMS21-like
产物E3 SUMO-protein ligase MMS21-like
ArabidopsisAT3G15150 (HPY2)
RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820746]
identity=51.9; qcov=0.972; evalue=6.07e-91; confidence=high
RiceOs05g0563500
-
identity=47.3; qcov=0.964; evalue=1.19e-83; confidence=high
GOGO:0000724 (double-strand break repair via homologous recombination); GO:0005634 (nucleus); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0016925 (protein sumoylation); GO:0030915 (Smc5-Smc6 complex); GO:0061665 (SUMO ligase activity)
KEGG-
PfamPF11789 (zf-Nse)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020134

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057804796.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057804796.1
3 Nuclear body 核内小体 0.80000 XP_057804796.1
4 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057804799.1
5 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057804796.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:49159891 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804796.1
275 aa
N
1
138
275
zf-Nse
C
PF11789 zf-Nse 144-205 aa
XP_057804797.1
275 aa
N
1
138
275
zf-Nse
C
PF11789 zf-Nse 144-205 aa
XP_057804798.1
275 aa
N
1
138
275
zf-Nse
C
PF11789 zf-Nse 144-205 aa
XP_057804799.1
250 aa
N
1
125
250
zf-Nse
C
PF11789 zf-Nse 144-206 aa
XP_057804800.1
250 aa
N
1
125
250
zf-Nse
C
PF11789 zf-Nse 144-206 aa
XP_057804801.1
250 aa
N
1
125
250
zf-Nse
C
PF11789 zf-Nse 144-206 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804796.1 Pfam PF11789 zf-Nse Domain 144 205 2.5e-13 50.3 Zinc-finger of the MIZ type in Nse subunit
XP_057804797.1 Pfam PF11789 zf-Nse Domain 144 205 2.5e-13 50.3 Zinc-finger of the MIZ type in Nse subunit
XP_057804798.1 Pfam PF11789 zf-Nse Domain 144 205 2.5e-13 50.3 Zinc-finger of the MIZ type in Nse subunit
XP_057804799.1 Pfam PF11789 zf-Nse Domain 144 206 3.3e-14 53.2 Zinc-finger of the MIZ type in Nse subunit
XP_057804800.1 Pfam PF11789 zf-Nse Domain 144 206 3.3e-14 53.2 Zinc-finger of the MIZ type in Nse subunit
XP_057804801.1 Pfam PF11789 zf-Nse Domain 144 206 3.3e-14 53.2 Zinc-finger of the MIZ type in Nse subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948815.1
TAATTGTGAAAGGGCCCAATACTTAATATTTAGGGCTCATCTTTTAAATTAATGAAGGCCCAACCTCTTGTCTCCAAGCTCCTCCGATCCCTCCTTCTTCTTCCATTTCCGGCAAAACACTCTCCTTCTAATTCTTCTCCTCAATTCCTTCCGACGACTCCTCCTCGCCGACCGTAGCCTATCGCATATCGCCGTCTCCATCTGCGCGTTTCCATCAATCGCCGCGGAATAGATAGATTCTCGAGTTTCCATACCCTTTC...
XM_057948814.1
TAATTGTGAAAGGGCCCAATACTTAATATTTAGGGCTCATCTTTTAAATTAATGAAGGCCCAACCTCTTGTCTCCAAGCTCCTCCGATCCCTCCTTCTTCTTCCATTTCCGGCAAAACACTCTCCTTCTAATTCTTCTCCTCAATTCCTTCCGACGACTCCTCCTCGCCGACCGTAGCCTATCGCATATCGCCGTCTCCATCTGCGCGTTTCCATCAATCGCCGCGGACTTTATATATGTGATAGATAGATAGATTCTCG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131020134
ATGGCGTACACCTCCGCTCCGCGCAGCGGCGTACAGGGAAGAATTGCGTCGGCGGCTACAACGCTATACTCTGACAACCAGAGTCTCATTGCTGAGATTAGAAAGGCTACTATTATGATGAAAGAGATTGGAGTCGACTTCGAGAAGGACAACGAATCAGATATGGTGAAGCAGCTTGAAGATGGAGTTATTAACTTAGTGAAAGCTTCCGATGAGTGTACTCATCTTTCCAGTGCTATCCAATCTATAGGAAAAGAATA...
LOC131020134
ATGGCGTACACCTCCGCTCCGCGCAGCGGCGTACAGGGAAGAATTGCGTCGGCGGCTACAACGCTATACTCTGACAACCAGAGTCTCATTGCTGAGATTAGAAAGGCTACTATTATGATGAAAGAGATTGGAGTCGACTTCGAGAAGGACAACGAATCAGATATGGTGAAGCAGCTTGAAGATGGAGTTATTAACTTAGTGAAAGCTTCCGATGAGTGTACTCATCTTTCCAGTGCTATCCAATCTATAGGAAAAGAATA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057804796.1
MAYTSAPRSGVQGRIASAATTLYSDNQSLIAEIRKATIMMKEIGVDFEKDNESDMVKQLEDGVINLVKASDECTHLSSAIQSIGKEYQPAAELTNFSKLFDKKIKRSMADTSSDSQSRLWLRQFREAIWKVHHDGQPMPGEEQDDIVMTSTECNLLNTTCPLTGKPITELAEPVRSMDCKHIYEKNAIMQHLRSKAATNRCPVTGIFWQLFLMKLSCYEIESLCDDLLSACPKILLAGRVVCDPFLVIEIDEMRSLNAQR...
XP_057804797.1
MAYTSAPRSGVQGRIASAATTLYSDNQSLIAEIRKATIMMKEIGVDFEKDNESDMVKQLEDGVINLVKASDECTHLSSAIQSIGKEYQPAAELTNFSKLFDKKIKRSMADTSSDSQSRLWLRQFREAIWKVHHDGQPMPGEEQDDIVMTSTECNLLNTTCPLTGKPITELAEPVRSMDCKHIYEKNAIMQHLRSKAATNRCPVTGIFWQLFLMKLSCYEIESLCDDLLSACPKILLAGRVVCDPFLVIEIDEMRSLNAQR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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