当前解析结果
SmilChr04G003241| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003241 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003241 |
| 描述 | purple acid phosphatase 17-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 49185939 - 49194530 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131020142 |
|---|---|
| GeneID | 131020142 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020142 |
| 原始查询 | SmilChr04G003241 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | purple acid phosphatase 17-like |
| 产物 | purple acid phosphatase 17-like |
| Arabidopsis | AT3G17790 (PAP17)purple acid phosphatase 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821047] identity=64.8; qcov=0.982; evalue=5.28e-160; confidence=high |
| Rice | Os03g0238600 (OsPAP3c)- identity=63.6; qcov=0.908; evalue=1.2e-137; confidence=high |
| GO | GO:0003993 (acid phosphatase activity); GO:0008198 (ferrous iron binding); GO:0008199 (ferric iron binding) |
| KEGG | smil00740 (Riboflavin metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00149 (Metallophos) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020142 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057804811.1 |
| 2 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057804811.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804811.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804811.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804811.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:49186453 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B51,C46,C56 |
Chr4:49186724 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B33 |
Chr4:49193041 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A22,B132 |
Chr4:49193705 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C81 |
Chr4:49194370 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr4:49194415 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804811.1PF00149
Metallophos 37-247 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804811.1 |
Pfam | PF00149 |
Metallophos | Domain | 37 | 247 | 5.1e-20 | 73.4 | Calcineurin-like phosphoesterase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。