当前解析结果
SmilChr04G003263| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003263 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003263 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G003263 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 49359417 - 49359807 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020164 |
|---|---|
| GeneID | 131020164 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020164 |
| 原始查询 | SmilChr04G003263 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0567000; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os06g0567000; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT4G29735 (AT4G29735)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829095] identity=73.7; qcov=0.974; evalue=1.97e-25; confidence=medium |
| Rice | Os06g0567000- identity=69.7; qcov=0.974; evalue=1.26e-33; confidence=medium |
| GO | GO:0006487 (protein N-linked glycosylation); GO:0034998 (GO:0034998); GO:0043227 (membrane-bounded organelle) |
| KEGG | smil00510 (N-Glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00513 (Various types of N-glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF05251 (Ost5) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020164 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 0.60000 | XP_057804833.1 |
| 2 | Endocytic vesicle | Endocytic vesicle | 0.20000 | XP_057804833.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057804833.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057804833.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804833.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:49359523 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:49359542 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:49359558 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B41,B68,C14 |
Chr4:49359605 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr4:49359639 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B41,B68,C14 |
Chr4:49359639 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B41,B68,C14 |
Chr4:49359666 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B67 |
Chr4:49359689 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 133 | A1,A14,A20,A21,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B10,B101,B102,B104,B106,B107,B108,B110,B112,B114,B115,B118,B122,B129,B133,B135,B139,B17,B18,B2,B22,B23,B29,B3,B30,B31,B33,B37,B38,B39,B4,B45,B47,B5,B50,B51,B53,B57,B58,B6,B60,B61,B63,B66,B67,B68,B69,B7,B72,B73,B74,B75,B77,B78,B79,B82,B83,B89,B93,B94,B95,B96,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C18,C19,C20,C21,C23,C24,C25,C26,C28,C29,C32,C36,C37,C39,C4,C43,C45,C47,C49,C5,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C6,C61,C63,C68,C7,C70,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C82,C84,C85,C87,C9,D1,D10,D7,D9 |
Chr4:49359692 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B133,B18 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804833.1PF05251
Ost5 6-78 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804833.1 |
Pfam | PF05251 |
Ost5 | Family | 6 | 78 | 1.2e-24 | 87.1 | Oligosaccharyltransferase subunit 5 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。