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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003285

染色体: Chr04 坐标: 49527265-49528715 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003285
名称SmilChr04G003285
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13160, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向49527265 - 49528715 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020184
GeneID131020184
locus_tag-
NCBI NameLOC131020184
原始查询SmilChr04G003285

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13160, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13160%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT3G13160 (AT3G13160)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820505]
identity=39.5; qcov=0.927; evalue=1.3e-84; confidence=medium
RiceOs08g0499800
-
identity=34.3; qcov=0.833; evalue=9.6e-55; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020184

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057804859.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804859.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804859.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804859.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804859.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:49527566 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr4:49527615 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B59,C42,D6
Chr4:49527627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:49527677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr4:49527788 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B68,C60,D6
Chr4:49527960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:49528054 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B2,B68,B94
Chr4:49528124 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr4:49528166 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B54,C15
Chr4:49528192 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr4:49528197 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr4:49528210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B2,B23,B68,B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804859.1
371 aa
N
1
186
371
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_long
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 97-122 aa PF13041 PPR_2 97-136 aa PF13812 PPR_3 97-136 aa PF17177 PPR_long 100-205 aa PF13041 PPR_2 125-174 aa PF01535 PPR 127-152 aa PF13812 PPR_3 156-205 aa PF12854 PPR_1 158-188 aa PF13041 PPR_2 160-207 aa PF01535 PPR 163-193 aa PF01535 PPR 198-228 aa PF13812 PPR_3 223-279 aa PF13041 PPR_2 230-278 aa PF01535 PPR 234-263 aa PF01535 PPR 268-294 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804859.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 97 122 1.5e-35 119.6 PPR repeat
XP_057804859.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 97 136 4.5e-53 177.9 PPR repeat family
XP_057804859.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 97 136 1.1e-24 87.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057804859.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 100 205 1.9e-13 51.0 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057804859.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 125 174 4.5e-53 177.9 PPR repeat family
XP_057804859.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 127 152 1.5e-35 119.6 PPR repeat
XP_057804859.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 156 205 1.1e-24 87.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057804859.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 158 188 1.8e-35 121.1 PPR repeat
XP_057804859.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 160 207 4.5e-53 177.9 PPR repeat family
XP_057804859.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 163 193 1.5e-35 119.6 PPR repeat
XP_057804859.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 198 228 1.5e-35 119.6 PPR repeat
XP_057804859.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 223 279 1.1e-24 87.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057804859.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 230 278 4.5e-53 177.9 PPR repeat family
XP_057804859.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 234 263 1.5e-35 119.6 PPR repeat
XP_057804859.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 268 294 1.5e-35 119.6 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948876.1
TATTTTCTAAATCTGATATAGAAATTATAATTGACGTGACAAGTGTTGGTGTTTGCGTGGCATCCCCAAAATTTTAACTAGAGATCAACTCATCAATTATTCCTCAAATTTATTTCCCTAAACTTTAATTTAGATTTCTTCCTCGAGCCGAGGACGAGCCCCTTTCTGAATTGGGCTGCCTCTGTGCGTAGTAGGCTGAACCCGTTTTCATCTATGGAGAAAGCGTCTTCCGCCTGCCGCCGTCTCCGCCATCTCCTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020184
ATGGAGAAAGCGTCTTCCGCCTGCCGCCGTCTCCGCCATCTCCTTCTACCTAAACGCAAGCCCGATTCCGTCGTCGCGGTTGCCACCTCCAACACCCAAGCCAAATTTCAAAATGTCGTCGAGAAATTCAAGAAATTGTCAAACTCTGGCGGATTCCGGGCGCAACGCGCGCCATTCAAGGCCGCCGTCCGCCGCCTATCGCGAGCCGGCCACTTCTCTCACGTCGAAGACATCCTTCAACACCAAAAGAAGTACGAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804859.1
MEKASSACRRLRHLLLPKRKPDSVVAVATSNTQAKFQNVVEKFKKLSNSGGFRAQRAPFKAAVRRLSRAGHFSHVEDILQHQKKYESIKNEHFTARLIHLYGQAKMLDHALQLFDEMPKLNCPRTVFSFNTLLSACFPCRNFDKAIELFRELPAKLSIEPNAITYTSAMKAFCKTGSFDDAVSLLDEMAAKGVGPDAVTFSLLLGELYHSGRYLEGENAWNLMREKGVDPDVRCYNSRVQGMVSEKKMWEAVALVREMEQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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