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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003286

染色体: Chr04 坐标: 49541977-49543802 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003286
名称SmilChr04G003286
描述bidirectional sugar transporter SWEET13-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向49541977 - 49543802 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020185
GeneID131020185
locus_tag-
NCBI NameLOC131020185
原始查询SmilChr04G003286

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bidirectional sugar transporter SWEET13-like
产物bidirectional sugar transporter SWEET13-like
ArabidopsisAT5G50790 (SWEET10)
Nodulin MtN3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835151]
identity=48.7; qcov=0.971; evalue=9.11e-91; confidence=high
RiceOs12g0476200 (SWEET13)
-
identity=55.4; qcov=0.932; evalue=2.85e-93; confidence=high
GOGO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF03083 (MtN3_slv)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020185

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057804860.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057804860.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057804860.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804860.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804860.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:49542197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C42
Chr4:49542363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B63,C12,C53
Chr4:49542536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,B94
Chr4:49542890 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B122,B128,B16
Chr4:49542890 G GT 1bp_insertion CDS_variant 3 B122,B128,B16
Chr4:49543048 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:49543056 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C10
Chr4:49543162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804860.1
279 aa
N
1
140
279
MtN3_slv
MtN3_slv
C
PF03083 MtN3_slv 12-96 aa PF03083 MtN3_slv 132-214 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804860.1 Pfam PF03083 MtN3_slv Repeat 12 96 1.4e-52 176.4 Sugar efflux transporter for intercellular exchange
XP_057804860.1 Pfam PF03083 MtN3_slv Repeat 132 214 1.4e-52 176.4 Sugar efflux transporter for intercellular exchange

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948877.1
CGAAGGATTCAGTATTGTCCACAAGATAAGCAAACACAAGATCTATTTTGAGCTTAATTTGAAATCAAAAAAATTTCTAGAAAGTAGATGGCAGGTTTCTCTGGGGAATGGGCTTTGGCATTTGGACTACTTGGTAACATTGTGTCGTTCATGGTGTTTCTCTCTCCAATACCAACATTCTATGCAATTTACAAGAAGAAAACAAGCGAAGGTTATCAATCAATTCCTTACGTGGTGGCACTTTTTAGCGCAATGCTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020185
ATGGCAGGTTTCTCTGGGGAATGGGCTTTGGCATTTGGACTACTTGGTAACATTGTGTCGTTCATGGTGTTTCTCTCTCCAATACCAACATTCTATGCAATTTACAAGAAGAAAACAAGCGAAGGTTATCAATCAATTCCTTACGTGGTGGCACTTTTTAGCGCAATGCTTTGGATTTTCTACGCATTTCTCAAGTCCAATGCCACTCTTATCATTACCATCAACGCCTTTGGCTGTTTCATTGAGACCATTTACGTCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804860.1
MAGFSGEWALAFGLLGNIVSFMVFLSPIPTFYAIYKKKTSEGYQSIPYVVALFSAMLWIFYAFLKSNATLIITINAFGCFIETIYVCFYLFYAPKKLRVQTLKMIALLIICGFGFIVVSTIFLVKPSRRAMVVGWICLIFSLCVFVAPLCILRKVIQTKSVEYMPFLLSLFLTLSAVMWFFYGLLIKDFNVAVPNVLGFSFGLVQMALYVKYKNVGKMSSKQKLPETVVTQVVVLEEPKNSDHIISIVKLNEALHSENIR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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