当前解析结果
SmilChr04G003286| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003286 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003286 |
| 描述 | bidirectional sugar transporter SWEET13-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 49541977 - 49543802 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020185 |
|---|---|
| GeneID | 131020185 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020185 |
| 原始查询 | SmilChr04G003286 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | bidirectional sugar transporter SWEET13-like |
| 产物 | bidirectional sugar transporter SWEET13-like |
| Arabidopsis | AT5G50790 (SWEET10)Nodulin MtN3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835151] identity=48.7; qcov=0.971; evalue=9.11e-91; confidence=high |
| Rice | Os12g0476200 (SWEET13)- identity=55.4; qcov=0.932; evalue=2.85e-93; confidence=high |
| GO | GO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03083 (MtN3_slv) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020185 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057804860.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057804860.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057804860.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804860.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804860.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:49542197 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,C42 |
Chr4:49542363 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B130,B63,C12,C53 |
Chr4:49542536 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B23,B94 |
Chr4:49542890 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B122,B128,B16 |
Chr4:49542890 |
G |
GT |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B122,B128,B16 |
Chr4:49543048 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:49543056 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,C10 |
Chr4:49543162 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804860.1PF03083
MtN3_slv 12-96 aa
PF03083
MtN3_slv 132-214 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804860.1 |
Pfam | PF03083 |
MtN3_slv | Repeat | 12 | 96 | 1.4e-52 | 176.4 | Sugar efflux transporter for intercellular exchange |
XP_057804860.1 |
Pfam | PF03083 |
MtN3_slv | Repeat | 132 | 214 | 1.4e-52 | 176.4 | Sugar efflux transporter for intercellular exchange |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。