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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003288

染色体: Chr04 坐标: 49558724-49560566 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003288
名称SmilChr04G003288
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13160, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向49558724 - 49560566 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020186
GeneID131020186
locus_tag-
NCBI NameLOC131020186
原始查询SmilChr04G003288

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13160, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13160%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT3G13160 (AT3G13160)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820505]
identity=39.2; qcov=0.927; evalue=1.15e-83; confidence=medium
RiceOs08g0499800
-
identity=36.7; qcov=0.741; evalue=2.53e-54; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020186

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057804861.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804861.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804861.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804861.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804861.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:49559408 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C48
Chr4:49559427 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C23
Chr4:49559454 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B37,B41,B73,C23
Chr4:49559460 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B37,B41,B73,C23
Chr4:49559522 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B86,C42,C60,D2,D6
Chr4:49559534 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,C12
Chr4:49559577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C41,C68
Chr4:49559584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr4:49559633 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr4:49559672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B54,C15
Chr4:49559695 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B12,B2,B59,C60
Chr4:49559908 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804861.1
371 aa
N
1
186
371
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_long
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 97-122 aa PF13041 PPR_2 97-136 aa PF13812 PPR_3 97-136 aa PF17177 PPR_long 102-205 aa PF13041 PPR_2 125-174 aa PF01535 PPR 127-152 aa PF13812 PPR_3 156-205 aa PF12854 PPR_1 158-188 aa PF13041 PPR_2 160-207 aa PF01535 PPR 163-193 aa PF01535 PPR 198-228 aa PF13812 PPR_3 223-279 aa PF13041 PPR_2 230-278 aa PF01535 PPR 234-263 aa PF01535 PPR 268-294 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804861.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 97 122 2.1e-35 119.2 PPR repeat
XP_057804861.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 97 136 4.5e-53 177.9 PPR repeat family
XP_057804861.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 97 136 1.4e-24 86.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057804861.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 102 205 2.4e-13 50.7 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057804861.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 125 174 4.5e-53 177.9 PPR repeat family
XP_057804861.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 127 152 2.1e-35 119.2 PPR repeat
XP_057804861.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 156 205 1.4e-24 86.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057804861.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 158 188 3.5e-35 120.1 PPR repeat
XP_057804861.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 160 207 4.5e-53 177.9 PPR repeat family
XP_057804861.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 163 193 2.1e-35 119.2 PPR repeat
XP_057804861.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 198 228 2.1e-35 119.2 PPR repeat
XP_057804861.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 223 279 1.4e-24 86.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057804861.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 230 278 4.5e-53 177.9 PPR repeat family
XP_057804861.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 234 263 2.1e-35 119.2 PPR repeat
XP_057804861.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 268 294 2.1e-35 119.2 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948878.1
AATTTAAAGACAATTATGATTATTTTATTAAAAGATATTGACACGAAAATACATGAATTATTAGCTACTTTATAAGTTGCACACGAATTTTAAGGATGATAATACATAATCTTTCAATATACTTCATCCGTCCCTGAAATAAGTTCATCTTTTTTTCTTTTTAGGACGTCCCCCAAATAAGTTTCTCTTTCTTTCTTTCCATTTTTGGACAACTACCCCACCACTAATAATACTTTATTTATTTTTATTTTTTACTTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020186
ATGGAGAAAGCGTCTTCCGCCTGCCGCCGTCTCCGCCATCTCCTTCTACCTAAACGCAAGCCCGATTCCGTCGTCGCGGTTGCCACCTCCAACACCCAAGCCAAATTTCAAAATGTCGTCGAGAAATTCAAGAAATTGTCAAACTCTGGCGGATTCCGGGCGCAACGCGCGCCATTCAAGGCCGCCGTCCGCCGCCTATCGCGAGCCGGCCACTTCTCTCACGTCGAAGACATCCTTCAACACCAAAAGCAGTACGAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804861.1
MEKASSACRRLRHLLLPKRKPDSVVAVATSNTQAKFQNVVEKFKKLSNSGGFRAQRAPFKAAVRRLSRAGHFSHVEDILQHQKQYESIKNEHFTARLIHLYGQAKMLDHALQLFDEMPKLNCPRTVFSFNTLLSACFPCRNFDKAIELFRELPAKLSIEPNAITYTSAMKAFCKTGSFDDAVSLLDEMAAKGVGPDAVTFSLLLGELYHSGRYLEGENAWNLMREKGVDPDVRCYNSRVQGMVSEKKMWEAVALVREMEQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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