当前解析结果
SmilChr04G003289| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003289 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003289 |
| 描述 | bidirectional sugar transporter SWEET13-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 49571951 - 49574119 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020187 |
|---|---|
| GeneID | 131020187 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020187 |
| 原始查询 | SmilChr04G003289 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | bidirectional sugar transporter SWEET13-like |
| 产物 | bidirectional sugar transporter SWEET13-like |
| Arabidopsis | AT3G48740 (SWEET11)Nodulin MtN3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824035] identity=52.5; qcov=1; evalue=3.65e-88; confidence=high |
| Rice | Os12g0476200 (SWEET13)- identity=55; qcov=0.949; evalue=4.51e-94; confidence=high |
| GO | GO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03083 (MtN3_slv) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020187 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057804863.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804863.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804863.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804863.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057804863.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:49572268 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A22,B126,B133,B44,D2 |
Chr4:49572472 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 5 | B124,B42,B43,C64,C66 |
Chr4:49572472 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 5 | B124,B42,B43,C64,C66 |
Chr4:49572608 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B12,B2,B23,B68 |
Chr4:49573445 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804863.1PF03083
MtN3_slv 12-96 aa
PF03083
MtN3_slv 132-214 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804863.1 |
Pfam | PF03083 |
MtN3_slv | Repeat | 12 | 96 | 1.4e-52 | 176.4 | Sugar efflux transporter for intercellular exchange |
XP_057804863.1 |
Pfam | PF03083 |
MtN3_slv | Repeat | 132 | 214 | 1.4e-52 | 176.4 | Sugar efflux transporter for intercellular exchange |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。