Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003316`

染色体: Chr04 坐标: 49891090-49902113 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003316`
名称	SmilChr04G003316
描述	protein transport protein SEC24 B-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	49891090 - 49902113 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020212`
GeneID	`131020212`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020212`
原始查询	`SmilChr04G003316`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein transport protein SEC24 B-like
产物	protein transport protein SEC24 B-like
Arabidopsis	`AT4G32640` (AT4G32640) Sec23/Sec24 protein transport family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829399] identity=60.2; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0430000` - identity=64.9; qcov=0.816; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000149 (SNARE binding); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0030127 (COPII vesicle coat); GO:0070971 (endoplasmic reticulum exit site); GO:0090110 (COPII-coated vesicle cargo loading)
KEGG	smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00626 (Gelsolin); PF04810 (zf-Sec23_Sec24); PF04811 (Sec23_trunk); PF04815 (Sec23_helical); PF08033 (Sec23_BS)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020212

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057804892.1`
2	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.80000	`XP_057804892.1`
3	Vesicle	囊泡	0.80000	`XP_057804892.1`
4	Clathrin-coated vesicle	Clathrin-coated vesicle	0.20000	`XP_057804892.1`
5	Endosome	内体	0.20000	`XP_057804892.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:49891700`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr4:49891768`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr4:49891856`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr4:49891940`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:49891972`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B126,B55,B81,C21,C6
`Chr4:49892111`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr4:49892270`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,B63,C12,C53
`Chr4:49892327`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr4:49892383`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr4:49892418`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr4:49892447`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B121,B140,C52,C83
`Chr4:49892879`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B5,B78,B79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804892.1

1072 aa

536

1072

zf-Sec23_Sec24

Sec23_trunk

Sec23_BS

Sec23_helical

Gelsolin

PF04810 zf-Sec23_Sec24 407-445 aa PF04811 Sec23_trunk 482-722 aa PF08033 Sec23_BS 727-811 aa PF04815 Sec23_helical 822-918 aa PF00626 Gelsolin 943-1014 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804892.1`	Pfam	`PF04810`	zf-Sec23_Sec24	Domain	407	445	1.3e-16	61.0	Sec23/Sec24 zinc finger
`XP_057804892.1`	Pfam	`PF04811`	Sec23_trunk	Domain	482	722	4.7e-76	256.3	Sec23/Sec24 trunk domain
`XP_057804892.1`	Pfam	`PF08033`	Sec23_BS	Domain	727	811	7.2e-27	94.5	Sec23/Sec24 beta-sandwich domain
`XP_057804892.1`	Pfam	`PF04815`	Sec23_helical	Domain	822	918	4.7e-22	78.5	Sec23/Sec24 helical domain
`XP_057804892.1`	Pfam	`PF00626`	Gelsolin	Domain	943	1014	2.5e-05	24.8	Gelsolin repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948909.1
GAATTTGATTACGTGAAAATATGCTTCATGTTTCAGAAAATATATTACTACCGCTGTCGCATTTCCGTTGTCTGTCAGTAACGCCGCTGCGATCCATAAATATTCAATCTAAACCCTTCTCCGGCGAAGAGACAACTGCTGTACCGCACAACTCCGATTGATTTTTTGGAGGAGAAGCGCTTGTTTCTCTTTGCAACGGACCGGAATTTCGGGTGTGCGTCACAGAGTTGGACTGCATTTGGACTGAGTTGGTGTCAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020212
ATGTCGACTCCAAGAGGACCTAGACCGGGGGCTTTCCCTCCCAATTATAACCCTGATACACTTGCTGGTAACCTGCAAAACCTGCGGATTAATCAGTCTAATTGGCAGCAATCGAATAATGCCGGTGTTAGTGGTGCCCCTAGGACTTCTAATGCCTTACCGTTTGGTCAACAGCCGCCGCCTTTTGCTGCTGGCCAATCACGACCGCCCCCACCTGGTGTGTTTCAGAGGGTTCCGGCACCTCCTGTGGCTCCAGGACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804892.1
MSTPRGPRPGAFPPNYNPDTLAGNLQNLRINQSNWQQSNNAGVSGAPRTSNALPFGQQPPPFAAGQSRPPPPGVFQRVPAPPVAPGQSTLRPDVMPARPTGPTPVSQPPPFASRPPPPGVLPSSIGGSAAPPYSAIAPRPGLSGSPTPPQMSSNGPAGIGPPAFAPRMMQSGSRPPPPMGNAPRLSVGPVQSPTMLSSQASSQPLQTRPGFGSPPAVSSSVGQPGPPFSTFPQGPMFSGSSNMPPPPGSLSFPPAHQGTV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器