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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003317

染色体: Chr04 坐标: 49905263-49911202 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003317
名称SmilChr04G003317
描述potassium transporter 10-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向49905263 - 49911202 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020213
GeneID131020213
locus_tag-
NCBI NameLOC131020213
原始查询SmilChr04G003317

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述potassium transporter 10-like
产物potassium transporter 10-like
ArabidopsisAT2G40540 (KT2)
potassium transporter 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818649]
identity=45.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0625900 (HAK10)
-
identity=45.6; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015079 (potassium ion transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0071805 (potassium ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF02705 (K_trans); PF22776 (K_trans_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020213

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057804893.1
2 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057804893.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057804893.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804893.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804893.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:49907682 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr4:49907917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B140,C52,C83,C85
Chr4:49908273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr4:49908600 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B101,B35
Chr4:49908618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B132,B3,B61
Chr4:49908729 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr4:49908795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,B16
Chr4:49908953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,B37,C62
Chr4:49909388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B33,C82,D11
Chr4:49909645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C37,C73
Chr4:49909681 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B33,C35,C82
Chr4:49910155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804893.1
798 aa
N
1
399
798
K_trans
K_trans_C
C
PF02705 K_trans 25-517 aa PF22776 K_trans_C 547-798 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804893.1 Pfam PF02705 K_trans Domain 25 517 1.2e-126 423.7 K+ potassium transporter integral membrane domain
XP_057804893.1 Pfam PF22776 K_trans_C Domain 547 798 5.1e-28 98.5 K+ potassium transporter C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948910.1
AACGATTTGCTATGCAAACAGTAATTATTTCGACACATCTCAAACAAAAAACTATTTGTCGTTCCGTTCCAACAGTTTGAACACTGAAGCCCCAATTTCATTTATTCTTTTTATTTTTCTTTCAAATCCCCTTTTTGCACTATACAGATTTTAGCTAGGCTAGGCATGCATGCACATATAGATACAACACTTGTAAAAATCTACACATACATATATATTTGTGTACGTCTCCCTCCCTCCCTCTCTCTCTCTCTCCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020213
ATGGATGCTCTGGCGATAAGCTCTGTGCCAATTTTTGTTGATTTTAGAAAAGACACATGGATGCAGACGCTCATTTTGTCATTTCAGAGCCTTGGTGTAATATATGGCCGCTTGAGCACGGCTCCCTTGTATGTACTCGAATCAATTGAACCAGGGGACATTTCATCACCAGATGAGATGCATGAACTCTTCTCATTTATTTTCTGGACCCTAACCATCATTCCGTTGCTGAAGTATGCTTTTATTGTATTGAAGGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804893.1
MDALAISSVPIFVDFRKDTWMQTLILSFQSLGVIYGRLSTAPLYVLESIEPGDISSPDEMHELFSFIFWTLTIIPLLKYAFIVLKADDDGEGGPFSLYSLLCRHAKVGLIPSNRGSGKILNHEEDEISSASSKGKSENKARKAIEKYKSSHYLLLFLALFGACMILSDAVLTPAISVLSATSGLGRSLAKISRVFSSDKTKDHVANALKKYVPTPVACAILVCLFTLQHHGTKRIGCLFAPIVITWLIFISGFGLYNIIH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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