当前解析结果
SmilChr04G003317| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003317 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003317 |
| 描述 | potassium transporter 10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 49905263 - 49911202 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131020213 |
|---|---|
| GeneID | 131020213 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020213 |
| 原始查询 | SmilChr04G003317 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | potassium transporter 10-like |
| 产物 | potassium transporter 10-like |
| Arabidopsis | AT2G40540 (KT2)potassium transporter 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818649] identity=45.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0625900 (HAK10)- identity=45.6; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0015079 (potassium ion transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0071805 (potassium ion transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02705 (K_trans); PF22776 (K_trans_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020213 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057804893.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057804893.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.80000 | XP_057804893.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804893.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804893.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:49907682 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
Chr4:49907917 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B140,C52,C83,C85 |
Chr4:49908273 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr4:49908600 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B101,B35 |
Chr4:49908618 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B102,B132,B3,B61 |
Chr4:49908729 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C73 |
Chr4:49908795 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B128,B16 |
Chr4:49908953 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B127,B37,C62 |
Chr4:49909388 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B33,C82,D11 |
Chr4:49909645 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B13,C37,C73 |
Chr4:49909681 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B33,C35,C82 |
Chr4:49910155 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B42,C64,C66 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804893.1PF02705
K_trans 25-517 aa
PF22776
K_trans_C 547-798 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804893.1 |
Pfam | PF02705 |
K_trans | Domain | 25 | 517 | 1.2e-126 | 423.7 | K+ potassium transporter integral membrane domain |
XP_057804893.1 |
Pfam | PF22776 |
K_trans_C | Domain | 547 | 798 | 5.1e-28 | 98.5 | K+ potassium transporter C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。