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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003322

染色体: Chr04 坐标: 49958649-49963012 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003322
名称SmilChr04G003322
描述extra-large guanine nucleotide-binding protein 3-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向49958649 - 49963012 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020217
GeneID131020217
locus_tag-
NCBI NameLOC131020217
原始查询SmilChr04G003322

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述extra-large guanine nucleotide-binding protein 3-like
产物extra-large guanine nucleotide-binding protein 3-like
ArabidopsisAT1G31930 (XLG3)
extra-large GTP-binding protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840083]
identity=49.2; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0206700
-
identity=57.1; qcov=0.837; evalue=0; confidence=high
GOGO:0001664 (G protein-coupled receptor binding); GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005834 (heterotrimeric G-protein complex); GO:0007188 (adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway); GO:0019001 (guanyl nucleotide binding); GO:0031683 (G-protein beta/gamma-subunit complex binding)
KEGG-
PfamPF00503 (G-alpha)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020217

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057804897.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057804897.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804897.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804897.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804897.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:49959020 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,C55,C73
Chr4:49959079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,C60
Chr4:49959094 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,C52,C83,C85
Chr4:49959169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr4:49959280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C55
Chr4:49959316 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B88,C37
Chr4:49959400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B131,B54,C15
Chr4:49959421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B125,B90,B92,C87
Chr4:49960035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:49960063 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B54,C15
Chr4:49960110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr4:49960147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B33,B4,B89,C19,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804897.1
812 aa
N
1
406
812
G-alpha
C
PF00503 G-alpha 401-781 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804897.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 401 781 4e-60 204.4 G-protein alpha subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948914.1
GGTAACGCCTATTCTAAATGCAAGGGTGGCAGCATTTTCAACATGTCAATTCAATGCCGAATTGATACTCCACGCATACTGAAAATTGAAAAATGCAAGATTCAAAAAAATAAAATACTGAAAATCGAAGTATTTTGATGGACGTTAAAATCCGAGAGACAATGACGCAGTGATTCCATTATTCTCGACGTAAACCGCTTCTCTCGACTGTCACTGTGTTCCATTCTCACGCAGCAATGGCGGCGTCTCCCGAAGAGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020217
ATGGCGGCGTCTCCCGAAGAGGAGGAGCCCAATTCGTGGGAGGTGTTGCTGCGGAAGATGCTGCCGGAGGGGGCCCCGTTGCCGGACGAGGACCAGCTCGACTACTCCATCTCCATCGACTACGTCGGCCCTTCTCCCTTCTTCAAGCCGCCCGATGCAAATCCCACCATTCCCAAGTCCAGATTCACCACTTTCCCCAAAAGCGCCCCCTCTCTCACCCCCAGAAACCCGGCGTGGATCAAGTCCCGTTCCAGTTCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804897.1
MAASPEEEEPNSWEVLLRKMLPEGAPLPDEDQLDYSISIDYVGPSPFFKPPDANPTIPKSRFTTFPKSAPSLTPRNPAWIKSRSSSETTSSDNRRLSASSLAFDDDIASDAGVESEPGHLGDRHDLDNSNSSVIGGGGGRVRGCGRCGKGRNGVLRGRERERCIVCGAEYCKKCVLKAMGAMPEGRKCVGCIGKAIDEANRRRLGKGSRVLSKLCSGVEVEVIMQVERECKANQVRPEQVVVNGEELRDDELDDLLGCLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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